海南坡鹿病毒组研究揭示新病毒，为濒危物种保护提供关键信息

为了解坡鹿病毒多样性及新病毒，研究人员采集样本分析，发现 PsPV-HMU-1 和 PsaCV-HMU-1，对保护濒危物种意义重大。

　　# 海南坡鹿病毒组研究：新发现与濒危物种保护的关键进展
在神秘的热带东南亚地区，生活着一种珍稀且全球濒危的鹿种 —— 坡鹿（Eld’s deer，Rucervus eldii） 。它们身姿优雅，却面临着生存的严峻挑战。曾经，海南岛上的坡鹿数量众多，广泛分布。然而，由于栖息地的丧失与破坏、盲目的狩猎以及非法的贸易活动，它们的种群数量急剧下降，在 20 世纪 70 年代，海南的坡鹿仅剩下 26 只 ，濒危的阴影笼罩着这个物种。

不仅如此，病毒感染也对坡鹿的生存构成了潜在威胁。在其他鹿种中，各种病毒引发的传染病时有发生，比如小反刍兽疫病毒（PPRV）会威胁水鹿、豚鹿等的健康 ；疱疹病毒可感染赤鹿、水鹿等 ；流行性出血病病毒（EHDV）和蓝舌病病毒（BTV）会影响骡鹿和白尾鹿 。而在全球范围内，对于坡鹿的病毒研究却极为匮乏，尤其是在中国海南，几乎没有关于坡鹿病原体的研究。这种知识的空白，让我们在保护坡鹿的道路上困难重重，不知道潜在的病毒威胁来自何处，也无法及时采取有效的防控措施。

为了填补这一空白，为坡鹿的保护提供重要的流行病学基线信息，海南医学院热带转化医学教育部重点实验室、中国医学科学院病原生物学研究所等多个机构的研究人员展开了深入研究 。他们的研究成果发表在《Scientific Reports》上，为我们揭示了坡鹿病毒组的神秘面纱。

研究人员在海南邦溪省级自然保护区，采集了 33 只野生坡鹿的 33 份鼻拭子、33 份肛拭子和 9 份蜱叮咬伤口拭子。这些样本被分成 5 组，通过下一代测序（NGS）和宏基因组分析技术，研究人员对样本中的病毒进行了全面的检测和分析。

病毒宏基因组分析

研究人员从样本中获得了大量的核苷酸数据，经过处理后发现，坡鹿的病毒组由逆转录病毒、单链 RNA（ssRNA）、双链 DNA（dsDNA）、单链 DNA（ssDNA）等多种病毒组成，不同类型样本中的病毒组成和分布存在差异，具有明显的组织嗜性 。而且，大部分病毒序列与已知病毒的核苷酸和氨基酸序列同一性较低。在 Pool 4 和 Pool 5 中，与病毒相关的读数比例分别为 16.97% 和 28.15%，其中与 CRESS DNA 病毒和乳头瘤病毒（PVs）对应的比例分别为 0.13% 和 0.12%。

新型乳头瘤病毒（PsPV-HMU-1）的特征

从 Pool 5 中，研究人员获得了一种新型乳头瘤病毒（PsPV-HMU-1）的完整基因组，长度为 7379bp 。该病毒具有典型的早期（E6、E7、E1 和 E2）和晚期（L2 和 L1）开放阅读框（ORF），其非编码长控制区（LCR）包含多个重要元件 。通过系统发育分析发现，与 PsPV-HMU-1 最接近的乳头瘤病毒来自 Dyokappapapillomavirus 属，但其 L1 氨基酸同源性小于 77.20% 。在坡鹿群体中，PsPV-HMU-1 的总体流行率为 24.24%（8/33） 。

新型 CRESS DNA 病毒（PsaCV-HMU-1）的特征

在 Pool 4 中，研究人员获取了一种新型 CRESS DNA 病毒（PsaCV-HMU-1）的完整基因组，长度为 2722bp ，C + G 含量为 40.56% 。其基因组包含两个主要的开放阅读框，分别编码复制相关蛋白（Rep）和衣壳蛋白（Cp） 。系统发育分析显示，PsaCV-HMU-1 的 Rep 与已知 CRESS DNA 病毒在进化树的根部就已分离，与 Circoviridae 和 Smacoviridae 家族关系较远，其 Rep 和 Cp 的氨基酸同一性分别为 45.43% 和 31.73% ，在坡鹿群体中的流行率仅为 3.03%（1/33） 。

研究结论与意义

此次研究首次详细鉴定了海南野生濒危坡鹿鼻拭子、肛拭子和伤口拭子样本中的病毒组，发现了两种新型病毒 PsPV-HMU-1 和 PsaCV-HMU-1。尽管这两种病毒的致病性尚不清楚，但它们的发现扩展了病毒基因组信息和宿主范围。PsPV-HMU-1 在坡鹿中具有一定的流行率，而 PsaCV-HMU-1 虽然仅在一只个体中检测到，但它们都可能对坡鹿的健康构成潜在威胁。这一研究结果为后续深入研究病毒在野生坡鹿中的致病性、传播机制以及跨物种传播潜力提供了重要的基础数据，有助于制定更有效的坡鹿保护策略，对保护这一全球濒危物种具有重要意义。

研究人员主要运用了以下关键技术方法：首先，采集来自海南邦溪省级自然保护区不同围栏区域的 33 只野生坡鹿的多种拭子样本。然后，对样本进行处理，构建病毒核酸文库，并通过下一代测序（NGS）获取大量序列数据。接着，利用生物信息学方法，如序列比对、系统发育分析等，对测序数据进行分析，鉴定病毒种类、分析病毒基因组特征以及确定病毒的进化关系。

总的来说，这项研究成果为我们深入了解坡鹿病毒组提供了重要的线索，让我们在保护坡鹿的道路上迈出了坚实的一步。但目前只是初步发现，后续还需要更多的研究，比如长期跟踪监测病毒的动态变化、研究病毒与宿主免疫系统的相互作用等，以便更好地保护这些珍贵的濒危动物，维护生物多样性。