无花果叶斑驳相关病毒 2 完整基因组序列揭示其独特分类地位

为准确分类和表征无花果叶斑驳相关病毒 2（FLMaV2），研究人员测定其完整基因组序列，发现其或代表新属。

　　在植物病毒的神秘世界里，有一种名为无花果叶斑驳相关病毒 2（Fig leaf mottle-associated virus 2，FLMaV2）的病毒，一直困扰着科研人员。它能让无花果的叶子出现斑驳和花叶的症状，影响无花果的生长和品质。但由于此前缺乏完整的基因组序列，它在病毒分类学上的地位一直模糊不清，这就好比在一个庞大的家族族谱中，有一个成员的身份始终难以确认，这不仅阻碍了对它的深入研究，也让防控工作难以有效开展。为了揭开 FLMaV2 的神秘面纱，来自南非斯泰伦博斯大学（Stellenbosch University）的研究人员 Rachelle Bester、Shannon Goodchild 和 Hans J. Maree 展开了一项重要研究。最终，他们成功测定了 FLMaV2 的完整基因组序列，相关成果发表在《Archives of Virology》上，这一发现为病毒分类学提供了新的思路，也为后续防控该病毒提供了关键依据。

在这项研究中，研究人员主要运用了三种关键技术方法。首先是高通量测序（High-Throughput Sequencing，HTS），通过对感染病毒的无花果叶样本进行高通量测序，获得了部分基因组序列信息。然后利用逆转录聚合酶链式反应（Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction，RT-PCR）技术，针对获得的部分序列设计引物，扩增出更多的基因片段。最后，采用 cDNA 末端快速扩增（Rapid Amplification of cDNA Ends，RACE）技术，成功获取了基因组的 5’端和 3’端序列，从而拼接出完整的基因组序列。

研究结果如下：

• 基因组序列测定：研究人员从南非西开普省的花园采集无花果叶样本，经过一系列实验操作，成功测定了 FLMaV2 分离株 F8D3 的完整基因组序列，长度为 16925 个核苷酸（nt）。通过与之前提交到 NCBI GenBank 的部分 FLMaV2 序列（FJ473383.1）对比发现，两者核苷酸序列同一性仅为 83.85%，这表明南非的 FLMaV2 分离株是一个差异较大的变体。
• 基因组结构分析：FLMaV2 的基因组结构与 FJ473383.1 相似，5’非翻译区（UTR）长度为 1005 nt，后面紧接着 9 个正向的开放阅读框（Open Reading Frame，ORF），3’UTR 长度为 231 nt 。它的基因组结构与小樱桃病毒 2（Little cherry virus 2，LChV2）和山药无症状病毒 1（Yam asymptomatic virus 1，YaV1）相似，但与典型的安普洛病毒属（Ampelovirus）成员不同。例如，在 FLMaV2、LChV2 和 YaV1 中，ORF1a 中的 L-Pro 和 AlkB 结构域未被检测到，且一些 3’端的 ORF（如 p21、p20A、p20B、p4 和 p7）缺失。值得注意的是，保守的安普洛病毒五基因模块（p5、Hsp70h、p55、CP、CPm）在这些病毒中，因 CP 基因前额外的 p21 基因而被破坏。
• 系统发育分析：研究人员基于 RNA 依赖的 RNA 聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase，RdRp）和衣壳蛋白（Coat Protein，CP）氨基酸序列进行系统发育分析。结果显示，FLMaV2 与 LChV2 和 YaV1 聚集在一个单独的分支上，与安普洛病毒属的其他成员分开。此外，FLMaV2 的 CP 估计分子量为 44.15 kDa，明显大于典型安普洛病毒的 CP（28 - 36 kDa），同样，LChV2、YaV1 和开心果安普洛病毒 A（Pistachio ampelovirus A，PAVA）的 CP 也较大。

研究结论和讨论部分指出，这是首次报道 FLMaV2 的完整基因组序列，虽然它与安普洛病毒属成员有相似之处，但在基因组结构和系统发育关系上存在显著差异，这对其在该属的分类地位提出了挑战。基于这些差异，研究人员建议建立一个新属来容纳 FLMaV2、LChV2 和 YaV1，以反映它们在进化上的独特性。这一研究成果不仅为 FLMaV2 的分类和特征描述提供了重要依据，也为黄症病毒科（Closteroviridae）的分类框架重新审视提供了契机，有助于推动植物病毒学领域的进一步发展，让我们对植物病毒的认识更加深入，为后续防控相关病毒病害奠定了坚实基础。