编辑推荐:
研究人员从两种镰刀菌中克隆测序 4 个 PNL 基因,经多种分析,揭示其与底物结合特性。
果胶裂解酶(Pectin Lyase,PNL)作为果胶酶的关键成员,采用独特的 β- 消除机制,将果胶聚合物分解为 4,5 - 不饱和低聚半乳糖醛酸。PNL 在工业领域有诸多应用,尤其在果汁加工行业备受青睐,这主要得益于其能保留果汁天然风味,且避免产生剧毒副产物甲醇。编码 PNL 的基因属于多基因家族,已有多个 PNL 基因被报道。在本研究中,研究人员以串珠镰刀菌(
Fusarium proliferatum)菌株 MTCC 9375 和藤仓镰刀菌(
Fusarium fujikuroi)菌株 MTCC 9930 的基因组 DNA 为模板,通过 PCR 扩增出 4 个 PNL 基因。随后,对这些基因进行克隆、测序,并赋予其 GenBank 登录号。研究人员利用生物信息学工具评估了多个理化和结构属性。此外,借助同源建模、分子对接和分子动力学(Molecular Dynamics,MD)模拟,探究了底物对高效催化的适宜性、结构刚性以及对接复合物的稳定性。分子对接结果显示,WRQ97881.1 与 3 - 脱氧 - D - 甘露 - 辛 - 2 - 酮糖酸(3-Deoxy-D-Manno-Oct-2-ulosonic Acid,Kdo)的结合能最佳(-5.1 kcal/mol),WRQ97882.1 与 D - 葡萄糖醛酸(D-glucuronic Acid)的结合能为 - 5.5 kcal/mol,WUR05396.1 与 D - 半乳糖醛酸(D-galacturonic Acid)的结合能为 - 5.9 kcal/mol ,WUR05397.1 与 D - 半乳糖醛酸的结合能为 -5.8 kcal/mol。
濞戞挸顑堝ù鍥┾偓鐟邦槹瀹撳孩瀵奸敂鐐毄閻庢稒鍔掗崝鐔煎Υ婵犲洠鍋撳宕囩畺缂備礁妫滈崕顏呯閿濆牓妯嬮柟娲诲幘閵囨岸寮幍顔界暠闁肩瓔鍨虫晶鍧楁閸撲礁浠柕鍡楊儐鐢壆妲愰姀鐙€娲ゅù锝嗘礋閳ь剚淇虹换鍐╃閿濆牓妯嬮柛鎺戞閻庤姤绌遍崘顓犵闁诡喓鍔庡▓鎴︽嚒椤栨粌鈷栭柛娆愬灩楠炲洭鎯嶉弮鍌楁晙
10x Genomics闁哄倹婢橀幖顪渋sium HD 鐎殿喒鍋撻柛姘煎灠瀹曠喓绱掗崱姘姃闁告帒妫滄ご鎼佹偝閸モ晜鐣遍柛蹇嬪姀濞村棜銇愰弴鐘电煁缂佸本妞藉Λ鍧楀礆閸℃ḿ鈧粙鏁嶉敓锟�
婵炲棎鍨肩换瀣▔鐎n厽绁癟wist闁靛棗锕g粭澶愬棘椤撶偛缍侀柛鏍ㄧ墱濞堟厤RISPR缂佹稒鐩埀顒€顦伴悧鍝ヤ沪閳ь剟濡寸€n剚鏆╅悗娑欏姃閸旓拷
闁告娲滅划蹇涙嚄閻愬銈撮幖鏉戠箰閸欏棝姊婚妸銉d海閻犱焦褰冮悥锟� - 婵烇絽宕崣鍡樼閸℃鎺撶鎼达綆鍎戝☉鎾亾濞戞搩浜滃畷鐔虹磼閸℃艾鍔掗悗鍦仱閻涙瑧鎷嬮幑鎰靛悁闁告帞澧楅弳鐔煎箲椤斿灝绐涢柟璨夊倻鐟㈤柛娆樺灥椤宕犻弽顑帡寮搁敓锟�
濞戞挸顑堝ù鍥Υ婵犲嫮鐭庨柤宕囧仜閸炴挳鎽傜€n剚顏ら悹鎰╁妺缁ㄧ増鎷呭⿰鍐ㄧ€婚柡瀣姈閺岀喎鈻旈弴鐘虫毄閻庢稒鍔掗崝鐔煎Υ閿燂拷