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β-肌动蛋白组氨酸73甲基化通过环境信号整合调控细胞骨架可塑性的分子机制
《Nature Communications》:
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年03月08日 来源:Nature Communications
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编辑推荐:为解决组氨酸73(H73)甲基化在β-肌动蛋白(β-actin)动态调控中的功能谜题,法国巴黎西岱大学等团队通过极化力场分子动力学模拟与生化实验,揭示H73甲基化通过改变核苷酸结合裂隙开放度、重构SD2-SD4变构路径、调控F-actin末端稳定性及无机磷酸盐(Pi)释放速率,阐明了这一罕见翻译后修饰(PTM)如何整合Mg2+/K+和ATP/ADP等环境信号协调细胞骨架功能,为癌症和胚胎发育相关研究提供新视角。论文发表于《Nature Communications》。
为破解这一难题,法国巴黎西岱大学、索邦大学及美国耶鲁大学的研究团队联合攻关,通过极化力场(AMOEBA)分子动力学模拟与微流控生化实验,首次系统揭示了H73甲基化通过环境依赖性机制调控β-肌动蛋白从单体到纤维的动态转变。研究发现,这一单甲基化修饰如同分子"变构开关",能重构核苷酸结合裂隙的构象景观、重编程变构通讯网络,并精细调控纤维末端稳定性。该成果不仅填补了β-肌动蛋白动态学研究空白,更为理解细胞骨架如何响应环境信号提供了全新范式,相关论文发表于《Nature Communications》。
研究团队运用三大关键技术:1)基于AMOEBA极化力场的自适应采样分子动力学模拟(累计26.64μs),精确捕捉离子-蛋白质相互作用;2)动态网络分析解析SD2-SD4亚结构域变构路径;3)微流控单纤维成像定量测定Pi释放速率(使用毕赤酵母表达的人源β-肌动蛋白)。
研究结果 组氨酸73甲基化调控ATP结合G-actin的可塑性 模拟显示甲基化(HIC73)显著扩大核苷酸结合裂隙(从25?增至30?),破坏SD4的H1螺旋与SD2的ARG62-GLU207盐桥。活性腔体积增加20%(760?3→910?3),但水分子的配位数保持稳定,暗示甲基化通过改变水网络排布而非数量影响ATP水解。
变构路径重构连接SD2与SD4亚结构域 动态网络分析发现,未甲基化(HIS73)状态下GLU207-ARG62直接氢键主导变构通讯;甲基化后路径转向传感器loop(涉及PRO70-GLU72)或TYR69-ARG183网络。ARG183Gly突变实验证实单个残基即可重塑变构网络,导致裂隙-二面角分布偏移。
镁离子与ADP抵消甲基化效应 75mM Mg2+使甲基化体系的裂隙开放度达最大值(30?),但变构路径回归非甲基化模式。ADP结合则"冻结"构象变化,使所有体系均呈现闭合裂隙状态(23?),且Pi释放相关分子后门(ARG177-ASN111)保持关闭。
甲基化稳定F-actin尖端结构 在纤维末端亚基(B)中,ATP结合的甲基化体系更易维持扁平丝状构象,而ADP状态则倾向松弛为G-actin构型。关键发现是甲基化显著降低SER14-GLY74后门开放频率(从35%降至8%),与Hummer实验室的增强采样数据高度一致。
核心纤维中甲基化抑制Pi释放 八聚体模拟显示甲基化使ARG177-ASN111后门开放率从62%降至28%。实验验证甲基化β-actin的Pi释放速率降低3倍(p=1.1×10-4),证实其通过双后门机制调控纤维动力学。
结论与意义 该研究首次建立H73甲基化-环境信号-肌动蛋白动态学的定量关系,揭示三个核心机制:1)甲基化通过"裂隙开关"调控单体-纤维转变能垒;2)离子浓度梯度可局部逆转甲基化效应;3)核苷酸状态决定变构路径选择。这些发现为理解β-肌动蛋白在肿瘤转移(依赖快速纤维重组)和胚胎发育(需精确形态调控)中的作用提供分子基础。
更广泛地,研究证实极化力场在超大体系(52万原子)中的应用价值,并为300余种已知组氨酸甲基化蛋白的功能研究建立方法范式。作者指出,未来需在16聚体纤维模型和SETD3敲除细胞系中进一步验证这些发现,但已明确H73甲基化是细胞响应微环境变化的"分子变构计"。
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