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为探寻胃癌新预后标志物,研究人员构建 NETs 相关 lncRNA 预后模型,可预测患者生存及免疫治疗反应。
胃癌,这个隐匿在黑暗中的健康杀手,每年在全球范围内肆虐,无情地夺走无数生命。据统计,每年新确诊的胃癌病例超百万,它已然成为威胁人类生命健康的重大疾病。尽管现代医学在诊断和治疗技术上不断突破,可胃癌却依旧十分狡猾,常常在悄无声息中发展到晚期,让有效的治疗手段束手无策。目前的治疗方式,像手术、化疗、放疗、靶向治疗以及免疫治疗,虽然各显神通,但对于晚期或转移性胃癌患者来说,总体生存率的提升依旧差强人意。更为棘手的是,可靠的预测生物标志物十分稀缺,这就如同在黑暗中摸索却找不到方向,严重阻碍了精准治疗的步伐。
与此同时,中性粒细胞胞外陷阱(NETs)这个神秘的角色,逐渐走进了科研人员的视野。它原本是免疫系统对抗病原体的 “秘密武器”,但近年来研究发现,它在肿瘤的发展进程中也扮演着重要角色,尤其在肿瘤转移和化疗耐药方面,NETs 的身影频繁出现。不过,在胃癌这个特殊的战场上,NETs 相关的长链非编码 RNA(lncRNA)究竟发挥着怎样的作用,依旧是一团迷雾。
为了揭开这层层迷雾,来自南京医科大学附属盐城第一医院和南通大学附属肿瘤医院的研究人员挺身而出,踏上了探索之旅。他们的研究成果发表在《Scientific Reports》上,为胃癌的诊疗带来了新的曙光。
在这场科研攻坚中,研究人员运用了多种关键技术方法。他们从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取了宝贵的数据,这些数据如同打开宝藏的钥匙,为后续研究奠定了基础。随后,通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)计算 NETs 富集分数,借助 Spearman 相关分析、单因素和多因素 Cox 回归分析等手段,构建并验证了 NETs 相关 lncRNA 预后模型。同时,他们还进行了细胞实验,如 qRT-PCR 实验检测基因表达水平,细胞转染实验探究基因功能等。
研究结果令人眼前一亮:
- 分析 NETs 相关基因在胃癌中的作用:研究人员通过单因素 Cox 回归分析,从众多基因中筛选出 8 个与胃癌预后相关的 NETs 基因。计算这些基因的 NETs 富集分数后发现,分数高的患者预后往往较差,这表明 NETs 富集分数与胃癌患者的预后密切相关。
- 构建 NETs 相关 lncRNA 预后模型:研究人员从 TCGA 数据库中找到了 78 个与 NETs 富集分数显著相关的 lncRNA,经过一系列筛选,最终确定了 4 个 lncRNA(AL049775.1、LINC01150、LINC02773、AC026329.1)构建预后风险评分模型。这个模型就像一个精准的指南针,能将患者分为高风险和低风险组。高风险组患者死亡频率更高,而低风险组患者总体生存率更高。通过受试者工作特征曲线(ROC)分析,进一步证明了该模型具有强大的预后预测能力。
- 评估 NETs 相关 lncRNA 模型:单因素和多因素 Cox 回归分析表明,风险评分是胃癌患者独立的预后因素。研究人员还构建了列线图,将临床病理参数和风险评分相结合,能够更直观地预测患者 1 - 5 年的总体生存率。列线图的校准曲线显示其预测效果良好,而且风险评分在预测性能上优于传统的 T 分期、N 分期和 M 分期,展现出了卓越的可靠性和临床价值。
- 探究与 NETs 相关 lncRNA 模型相关的功能和通路:通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,发现该模型与免疫系统、刺激反应、生物过程调节等多个生物学过程密切相关,同时在白细胞跨内皮迁移、趋化因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等多条信号通路中显著富集,这意味着这些生物标志物的激活在肿瘤进展中可能起着关键作用。
- 分析 NETs 相关 lncRNA 模型与免疫细胞浸润的关系:利用 ESTIMATE 算法和 CIBERSORT 分析发现,高风险组患者的肿瘤微环境更为复杂,免疫抑制细胞比例较高,而低风险组则富含更多激活的抗肿瘤免疫细胞。这表明该模型与免疫抑制性肿瘤微环境紧密相连,深刻影响着胃癌的发展进程。
- 研究 NETs 相关 lncRNA 模型与治疗效果的关系:研究人员发现,高风险组患者免疫检查点基因表达水平更高,使用 TIDE 算法评估后发现,低风险组患者对免疫治疗的反应更好。此外,低风险组对奥沙利铂、顺铂和紫杉醇等化疗药物更为敏感,这为个性化治疗方案的制定提供了重要依据。
- 探讨 NETs 相关 lncRNA 模型与肿瘤突变负荷的关系:研究表明,低风险组肿瘤突变负荷(TMB)更高,且风险评分与 TMB 呈负相关。虽然 TMB 单独不能作为独立的预后因素,但它与风险评分的相互作用能增强模型的预后价值,这提示在预测免疫治疗反应和患者预后时,综合考虑 TMB 和风险评分至关重要。
- 验证 LINC01150 在胃癌中的作用:qRT-PCR 实验显示,LINC01150 在胃癌组织中表达上调。功能实验进一步证实,敲低 LINC01150 后,胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力显著下降,这表明 LINC01150 是胃癌进展过程中的重要调节因子。
综合来看,这项研究意义重大。研究人员成功构建了基于 NETs 相关 lncRNA 的预后模型(NlncSig),为胃癌患者的预后评估提供了新的有力工具。该模型不仅能预测患者的生存情况,还能反映患者对免疫治疗的反应,为个性化治疗策略的制定提供了关键指导。不过,研究也存在一些局限性,比如 LINC01150 调节胃癌的具体机制还需进一步深入探究,NlncSig 也需要在更大规模的临床研究中进行验证。但这些不足并不能掩盖这项研究的光芒,它为胃癌的研究和治疗开辟了新的方向,相信在未来,随着研究的不断深入,胃癌的诊疗将会取得更大的突破,为患者带来更多的希望。