基于网络药理学和转录组学探究平颤颗粒治疗帕金森病的活性成分及潜在机制

【字体: 时间:2025年03月07日 来源:Scientific Reports 3.8

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  为探究平颤颗粒(PCG)治疗帕金森病(PD)的机制,研究人员开展相关研究,发现其潜在靶点及机制,为 PD 治疗提供依据。

  帕金森病(Parkinson’s disease,PD)是一种复杂的神经退行性疾病,它就像一个隐藏在身体里的 “捣蛋鬼”,给患者带来诸多痛苦。在大脑中,中脑黑质的多巴胺能神经元不断减少,导致纹状体中的多巴胺水平大幅下降,患者会出现运动迟缓、静止性震颤、姿势不稳等运动症状,还会伴有睡眠障碍、自主神经功能紊乱、神经精神障碍和认知障碍等非运动症状。这些症状不仅严重影响患者的生活质量,使其难以独立生活,还给家庭和社会带来了沉重的经济负担。
目前,PD 的治疗目标是改变疾病进程并阻止症状进展,治疗策略包括药物和非药物方法。然而,现有的多巴胺替代疗法等药物治疗手段,对某些 PD 症状效果不佳,而且传统治疗方法也面临着诸多挑战。因此,深入了解 PD 的发病机制并探索创新治疗方法迫在眉睫。

浙江大学医学院附属第二医院的研究人员开展了一项研究,他们综合运用网络药理学、转录组学等多种技术,深入探究平颤颗粒(Pingchan Granules,PCG)治疗 PD 的活性成分、潜在靶点和作用机制。该研究成果发表在《Scientific Reports》上,为 PD 的治疗提供了新的思路和方向。

研究人员为开展此项研究,运用了多种关键技术方法。他们从多个数据库筛选 PCG 的活性成分及靶点,并从公共数据库获取 PD 相关的转录组和单细胞测序数据。通过网络药理学构建蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络等,还利用随机森林模型筛选关键靶点,用分子对接和分子动力学模拟验证分子间相互作用,运用孟德尔随机化进一步验证靶点。

在研究结果部分,首先是 PCG 的活性成分和潜在靶点。PCG 由多种中药组成,研究人员经筛选确定了 96 种与 PCG 相关的抗 PD 靶点。通过分析基因表达数据,他们发现了 PD 患者和正常对照多巴胺能神经元的差异表达基因,并整合多个数据库的疾病靶点,最终确定了 PCG 的潜在抗 PD 靶点。

其次是通路富集和基因本体分析。对 96 个抗 PD 靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)等通路分析,结果显示这些靶点主要富集在神经元突触信号传导、G 蛋白偶联受体(G Protein-Coupled Receptor,GPCR)信号通路等,表明 PCG 可能通过调节这些通路发挥治疗作用。

然后是 PPI 网络分析。构建 PPI 网络并鉴定出 10 个关键靶点,如 AKT1、TNF、SLC6A3 等。对这些关键靶点进行共表达和功能分析,发现它们与神经炎症相关的 ErbB 信号通路有关。此外,研究还分析了转录因子(TFs)和微小 RNA(miRNA)与关键靶点的关系,构建了疾病关联网络,发现 PCG 可能通过作用于这些靶点改善抑郁、双相情感障碍等相关疾病。
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接下来是核心药物靶点筛选。利用随机森林模型分析黑质转录组数据,筛选出 SLC6A3 和 SRC 等核心药物靶点。这两个基因在 PD 诊断中表现出良好的性能,构建的疾病诊断模型在多个数据集中得到验证。

再是孟德尔随机化分析。该分析确定 SRC 是 PD 的潜在治疗靶点,为 PCG 治疗 PD 的机制提供了进一步证据。

之后是单细胞测序分析。分析中脑单细胞测序数据,研究人员发现不同关键靶点在不同细胞类型中的表达存在差异。对 SLC6A3 和 SRC 进行基因集富集分析(GSEA),发现它们可能调节多巴胺能神经元的葡萄糖代谢等通路。

最后是分子对接和分子动力学模拟验证。分子对接结果显示 PCG 的活性化合物与关键靶点有较强的结合亲和力,分子动力学模拟进一步证实了 dauricine 与 SLC6A3 和 SRC 结合的稳定性。

在研究结论与讨论部分,研究人员通过一系列研究,揭示了 PCG 治疗 PD 的多靶点药理机制。PCG 中的活性成分 dauricine 可能通过作用于 SLC6A3 和 SRC 等靶点,调节多巴胺能神经元的葡萄糖代谢通路,发挥神经保护作用。虽然研究存在一定局限性,如数据集的偏差和计算工具的限制,但该研究为 PCG 在 PD 治疗中的应用提供了坚实的科学基础,有助于推动 PCG 作为 PD 治疗药物的进一步开发。

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