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为探究聚磷酸盐(PolyP)功能及代谢机制,研究人员开展相关研究,发现其功能多样但机制不明,极具研究价值。
在微观的细胞世界里,能量的存储与转化就像一场精密的 “生命游戏”,对于所有细胞的生存与发展至关重要。在众多参与这场 “游戏” 的分子中,聚磷酸盐(PolyP)是一位隐藏的 “神秘玩家”。它结构并不复杂,由至少三个到超过一千个无机磷酸单元(
Pi?)通过磷酸酐键连接而成,这些磷酸单元链可以是线性、环状或分支状。看似简单的它,却有着诸多神奇功能,不仅能存储能量,还参与了细胞内一系列重要的生命活动。然而,长久以来,PolyP 就像一个蒙着面纱的舞者,尽管人们知道它在细胞中活跃,但其在不同生物体内的合成、降解机制以及具体的调控方式,大部分仍处于未知状态,这让科学家们对它充满好奇,迫切想要揭开它神秘的面纱。
为了深入了解 PolyP 这位 “神秘玩家”,来自德国弗莱堡大学(University of Freiburg)生物化学与分子生物学研究所的 Martin Milanov、Markus V?gtle 和 Hans-Georg Koch 等研究人员展开了研究。他们的研究成果发表在《BIOspektrum》杂志上,这一研究对揭示 PolyP 在细胞生命活动中的作用和机制有着重要意义,有望为相关领域的进一步探索打开新的大门。
研究人员在研究过程中,主要采用了基因分析和蛋白质研究相关技术。他们通过分析不同生物体内与 PolyP 合成和降解相关的基因,比如大肠杆菌(Escherichia coli )中的 PPK1 和 PPX 基因,研究这些基因在不同条件下的表达变化。同时,利用蛋白质互作分析技术,探究 PolyP 与其他蛋白质,如 RNA 聚合酶、Ribosomen 等的相互作用,以此来揭示 PolyP 在细胞内的功能机制。
PolyP 的合成与降解
PolyP 的合成曾是个谜团,直到 A. Kornberg 发现大肠杆菌中的聚磷酸盐激酶(PPK),才逐渐揭开其神秘面纱。现在已知的 PPK1 在大肠杆菌中以同源二聚体或同源四聚体形式存在,可催化 ATP 的 γ - 磷酸基团可逆地转移到 PolyP 上。不同生物合成 PolyP 的方式有所差异,在原核生物中,PPK1 主要负责 PolyP 的合成,而在氨基酸序列和结构上不同的 PPK2,主要利用 PolyP 对 GDP 和 ADP 进行磷酸化,比如在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis )和铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa )中就存在这种现象。在真核生物中,酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)液泡膜上的 VTC 复合物可催化由 ATP 合成 PolyP,并同时将其转运到液泡腔中,但大多数真核生物的 PolyP 合成酶仍不明确。PolyP 的降解在原核生物和真核生物中主要通过外切聚磷酸酶(PPX)进行,释放出Pi?。在细菌中,短链 PolyP 还可通过核苷酸酶 SurE 降解,真核生物中则还有内切聚磷酸酶,能将 PolyP 链切割成较短的寡磷酸链,但不释放P1? 。
PolyP 合成的调控机制
在大肠杆菌中,PolyP 的合成受磷酸盐和氨基酸缺乏的刺激。传感器激酶 PhoR 可感知Pi?的缺乏,并通过磷酸化 PhoB 来刺激 30 多个基因的转录。当磷酸盐缺乏时,还会产生警报素(p)ppGpp,它能别构调节 RNA 聚合酶的活性,竞争性抑制 GTP 酶。PPK1 和 PPX 的基因在大肠杆菌中位于一个操纵子中,应激诱导的 Sigma 因子(RpoS、RpoN)以及与 RNA 聚合酶结合的蛋白 DksA 都参与调控 PolyP 的形成。此外,PolyP 的合成还存在翻译后调控,不过最初认为的(p)ppGpp 对 PPX 的抑制作用目前受到质疑。研究发现,一种普遍保守的、与核糖体相互作用的 ATP 酶 YchF 可通过选择性抑制相应 mRNA 的翻译来抑制应激蛋白的形成,缺失 ychF 会导致不同原核和真核生物的应激抗性增强,在大肠杆菌中还会增强 rpoS 基因的翻译。有趣的是,同时缺失 ychF 和 ppx 会导致大肠杆菌合成致死,这可能是因为 PolyP 浓度过高会因镁和磷酸盐的限制而产生毒性。在氧化应激条件下,PPX 会因半胱氨酸氧化而受到抑制,从而影响 PolyP 的水平。但总体而言,PolyP 合成的调控机制仍未完全明晰,不同菌株之间的差异也对此产生影响。
PolyP 的细胞功能
尽管 PolyP 结构简单,却影响着众多细胞过程。由于带有负电荷,它常与阳离子结合,有助于抵抗有毒金属。PolyP 还能抑制核酸修饰酶,如 DNA 连接酶或 DNA 聚合酶,这可能是通过与Mg2+络合引发的。PolyP 既是磷酸盐的储存库,也参与核苷三磷酸(NTP)的再生。此外,它还影响许多应激反应、对抗生素的抗性以及蛋白质稳态。在大肠杆菌中,PolyP 刺激 rpoS 的转录,间接影响 500 多个基因的转录,其中许多基因与应激反应有关。PolyP 通过与核糖体直接相互作用,影响翻译准确性,并通过与蛋白酶 Lon 结合,刺激错误折叠或多余蛋白质的降解,在营养缺乏时提供氨基酸,这可能与严谨反应有关,但具体机制尚未完全清楚。在真核生物中,体外研究发现 PolyP 浓度升高会导致蛋白质在 PASK 簇(多酸性丝氨酸和赖氨酸簇)上发生非酶促多磷酸化,不过这种修饰是共价结合还是非常稳定的非共价结合存在争议,且目前尚无明确证据表明体内存在这种修饰。在真核生物中还发现了组氨酸 - PolyP 修饰,这种修饰似乎会抑制相应酶的活性,可能会抑制细胞周期进程和核糖体生物发生。虽然目前尚不清楚原核生物中是否存在 PolyP 修饰,但由于 PolyP 的普遍保守性以及观察到 Lon 与 PolyP 孵育后的质量变化,这种修饰很可能存在。PolyP 还具有化学伴侣的作用,能够减少热或氧化剂导致的蛋白质聚集,稳定折叠中间体的 β - 折叠结构,并与 ATP 依赖的伴侣蛋白共同促进天然折叠。此外,PolyP 还通过液 - 液相分离(LLPS)影响蛋白质定位。
综上所述,PolyP 及其代谢尽管在进化上具有保守性且功能多样,但目前仍有许多未知之处,是一个极具潜力的研究领域。对 PolyP 的深入研究,有助于我们更全面地理解细胞内的生命活动,为解决细胞生理、应激反应、疾病发生等多方面的问题提供新的思路和方向。未来,随着研究的不断深入,PolyP 这个 “神秘玩家” 或许会为生命科学和健康医学领域带来更多意想不到的惊喜。
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