告别低效！Covaris重塑FFPE蛋白提取流程

FFPE样本的困境与机遇

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本是临床病理的“黄金资源”，蕴藏着海量疾病信息，但因蛋白质交联过度、提取效率低等问题，长期困扰着蛋白质组学的研究。传统方法回收率不足30%，且流程繁琐，难以满足精准医学对高通量、高灵敏度的需求。针对这一难题，《A High-Throughput Workflow for FFPE Tissue Proteomics》提出颠覆性解决方案：Covaris声波聚焦技术成为破局关键！通过精准调控超声参数，Covaris可高效破碎FFPE组织，释放完整蛋白质并减少降解，结合自动化前处理流程，将蛋白回收率提升至80%以上，同时实现低丰度蛋白（如磷酸化修饰蛋白）的高效提取。这一技术突破不仅让陈年病理样本“重获新生”，更为肿瘤标志物筛选、疾病机制研究开辟了全新路径。

研究路线设计

图中A部分展示了用于FFPE样本蛋白组学分析的样本制备工作流程比较，三个不同的工作流程使用三个10μm的连续切片。流程一使用标准的提取和胰酶消化流程；流程二使用AFA超声技术进行提取，标准流程进行胰酶消化；流程三使用AFA技术同时进行蛋白提取和胰酶消化。消化后的肽段经过处理，在质谱仪上进行分析。图中B部分展示了三种工作流程的时间对比，可以明显得出使用AFA技术同时进行蛋白提取和胰酶消化所使用的时间最短。

研究结果展示

图A展示了三个不同工作流程中，每个工作流程处理的16个重复样本鉴定到的蛋白质数量，明显可以看出使用Covaris AFA技术提取和消化工作流程所得出的蛋白数量最多。图B展示了三个不同工作流程中，每个工作流程处理的16个重复样本鉴定到的肽数量，明显可以看出使用Covaris AFA技术提取和消化工作流程所得出的肽数量最多。图C中显示三种工作流程处理后，鉴定出的蛋白质数量，其中使用Covaris AFA技术提取和消化工作流程所得出的蛋白数量最多。图D显示三种工作流程处理后，鉴定出的肽数量，其中使用Covaris AFA技术提取和消化工作流程所得出肽的数量最多。

研究结论

通过本文的研究，作者得出了使用Covaris AFA技术可以实现快速、高通量的工作流程。这一工作流程可以在不到4个小时的时间内，处理多达96个样本，并且得出的数据结果要更优于标准化工作流程，同时Covaris AFA技术可以整合到自动化工作流程中。

Covaris样本制备系统针对多种样本的蛋白质谱分析开发了一站式解决方案，无论是FFPE样本、激光显微切割样本、还是细胞或组织样本，都能帮助用户高效、稳定地获得生物大分子样本，进而协助用户提升下游实验的数据质量！Covaris公司一直致力于研发基于声学、机械及分子生物学的高性能组织样本处理系统，旨在帮助研究者实现快速、稳定、高效的样品预处理。

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