ESR 助力无创量化 PROTACs 介导蛋白降解,开启癌症治疗新视野

【字体: 时间:2025年02月23日 来源:Nature Communications

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  为解决 PROTACs 介导蛋白降解难以无创监测等问题,华南理工大学研究人员开展 ESR 相关研究。他们开发出 ESR,实现体内无创量化、筛选降解剂和预测疗效。该成果为癌症治疗研究提供新途径,值得科研人员一读。

  
在生命的微观世界里,蛋白质就像一群勤劳的 “小工匠”,它们参与并调节着生物体的正常代谢和细胞内的信号交流,对生命活动至关重要。而蛋白水解靶向嵌合体(PROTACs)的出现,如同给了科学家们一把神奇的 “剪刀”,可以精准地剪掉那些在疾病发生发展过程中 “捣乱” 的蛋白质(即感兴趣的蛋白质,POIs),尤其是那些难以对付的转录因子。如今,许多针对关键致癌蛋白的 PROTACs 已经进入癌症治疗的临床试验阶段,像 ARV - 110(针对雄激素受体)和 ARV - 471(针对雌激素受体)。

然而,这把 “剪刀” 也存在一些问题。PROTACs 的结构变化会不可预测地影响其蛋白质降解效率,目前主要通过蛋白质免疫印迹法(WB)来量化 POIs 的丰度,以此评估降解效率。但这种方法就像是在黑暗中摸索,无法对活细胞内的蛋白质降解进行无创监测,更别提直接在体内评估降解效果了。打个比方,这就好比我们想知道一个机器内部零件的运转情况,却只能在机器外面听声音猜测,根本看不到里面到底发生了什么。而且,PROTACs 在体外和体内的蛋白质降解效果存在差异,这也给基于 PROTACs 的癌症治疗优化带来了很大挑战。

为了解决这些难题,华南理工大学的研究人员在《Nature Communications》期刊上发表了题为 “An environment - sensitive reporter for in vivo quantification of PROTAC - mediated protein degradation” 的论文。他们开发了一种环境敏感报告分子(ESR),成功实现了在体内对 PROTACs 介导的蛋白质降解进行无创量化,还能筛选针对 POIs 的降解剂,并预测基于 PROTACs 的癌症治疗效果。这一成果就像是给研究人员提供了一副 “透视镜”,让他们能够更清楚地观察细胞内蛋白质降解的奥秘,为癌症治疗带来了新的希望。

研究人员在开展这项研究时,用到了几个关键的技术方法。他们利用分子荧光成像技术,借助其独特的时空分辨率和可视化优点,来观察和分析相关现象。通过细胞热迁移实验(CETSA)验证分子与目标蛋白的结合情况,就像给分子和蛋白的结合关系做了一个 “亲子鉴定”。同时,运用等温滴定量热法(ITC)来测定分子间的结合亲和力,精确了解它们之间的 “亲密程度” 。

下面我们来看看具体的研究结果。

设计和表征 ESR


研究人员首先像是在众多 “候选选手” 中挑选合适的 “队员” 一样,测量了多种荧光团在不同溶剂中的光谱响应,考察它们对环境变化的敏感性。经过一番筛选,发现尼罗红(NR)表现出色,它的荧光强度会随着溶剂极性的增加而降低,而且几乎不受 pH 值的干扰,是构建 ESR 系统的理想选择。

接着,他们以 BRD4 蛋白为研究对象,将 JQ1(+)与 NR 骨架连接,构建了一系列环境敏感报告分子(JQ1 - n - NR)。通过分子对接模拟和细胞热迁移实验(CETSA),证实了 JQ1 - 1 - NR 能够在 JQ1(+)的引导下与 BRD4 蛋白结合。而且,随着 BRD4 蛋白浓度的增加,JQ1 - 1 - NR 的荧光比率逐渐上升并趋于饱和,而 JQ1 - 2 - NR 和 JQ1 - 3 - NR 由于连接子过长,荧光变化不明显。最终,研究人员选择 JQ1 - 1 - NR(后续称为 JQ1 - NR)进行后续研究。

ESR 量化 PROTACs 在体外介导的蛋白质降解


为了量化 BRD4 蛋白在降解过程中的表达变化,研究人员合成了一种基于 PROTACs 的 BET 蛋白降解剂 JV8。用不同浓度的 JV8 处理 4T1 细胞后,通过 WB 检测发现,BRD4 蛋白在总细胞和细胞质中的水平均呈剂量依赖性下降,在细胞核中的降解则不明显。而且,JV8 对 BRD4 蛋白的降解还具有时间依赖性,同时,使用蛋白酶体抑制剂 MG132 验证了其通过泛素 - 蛋白酶体系统降解 BRD4 蛋白的机制。免疫荧光染色进一步确认 JV8 优先降解细胞质中的 BRD4 蛋白。

此外,研究人员还探索了 JQ1 - NR 用于无创量化 BRD4 表达的潜力。通过流式细胞术分析,确定了 JQ1 - NR 在活细胞中的摄取平衡参数。实验发现,与游离的 NR 荧光团相比,BET 蛋白配体 JQ1(+)存在时,JQ1 - NR 的荧光信号更强;而用 JV8 预处理细胞后,JQ1 - NR 的信号显著降低。通过共聚焦激光扫描显微镜(CLSM)观察到,随着 JV8 的加入,活细胞细胞质中 JQ1 - NR 的信号呈剂量和时间依赖性下降。对不同细胞区域的 BRD4 蛋白水平和 JQ1 - NR 信号进行线性分析后发现,细胞质中的两者相关性更好。这表明 JQ1 - NR 信号有望替代 WB,成为无创量化 BRD4 降解的新方法。

利用 ESR 在体外实现对 PROTACs 的简单快速筛选


研究人员以 JV8 为参考,通过调节 E3 连接酶的连接子和配体长度,合成了一系列 BRD4 - PROTACs。利用流式细胞术监测不同细胞系中经各种 BRD4 - PROTACs 预处理后 JQ1 - NR 的信号,分析了这些 PROTACs 对 BRD4 蛋白的降解情况。结果发现,不同的蛋白质降解剂在同一细胞系中的效果存在差异,同一蛋白质降解剂在不同细胞系中的效果也有所不同。通过荧光成像更直观地观察到了这种差异,并且通过 WB 验证了筛选结果的准确性。此外,JQ1 - NR 信号与 BRD4 - PROTACs 引发的降解趋势之间存在很强的正相关性,这说明 ESR 策略能够简化和加速针对 POIs 的降解剂筛选。

ESR 量化 PROTACs 在体内介导的蛋白质降解


研究人员在小鼠身上接种 4T1 肿瘤,通过腹腔注射 BRD4 - PROTACs,然后瘤内注射 JQ1 - NR,进行体内荧光成像。结果显示,JC2、JV4 和 JV8 处理组的 JQ1 - NR 信号显著降低,表明这些组的肿瘤中 BRD4 蛋白发生了降解。WB 检测结果也证实了这一点,并且 JQ1 - NR 信号与 BRD4 水平之间存在良好的相关性。此外,在多种肿瘤模型中,JV8 的加入都显著降低了 JQ1 - NR 信号,这表明 POIs 标记的报告分子 JQ1 - NR 可以通过体内荧光成像无创监测 BRD4 - PROTACs 引发的蛋白质降解。

ESR 预测 PROTACs 在体内的治疗效果


评估 PROTACs 在生物体内的治疗效果通常需要完成整个治疗周期,耗时较长。研究人员通过给荷 4T1 肿瘤的小鼠腹腔注射不同剂量的 JV8 进行治疗实验,发现 JV8 具有剂量依赖性的抑瘤效果。在治疗过程中,通过瘤内注射 JQ1 - NR 并进行荧光成像,分析 JQ1 - NR 信号变化(ΔFL)与肿瘤体积变化的关系。结果发现,肿瘤体积变化与 ΔFL 强度呈负相关,即肿瘤中较高的 ΔFL 强度代表小鼠在治疗 14 天后相对肿瘤体积较小。通过 WB 对肿瘤组织中 BRD4 水平进行量化,进一步证实了 ΔFL 强度、相对肿瘤体积和 BRD4 水平之间存在紧密的线性关系。这表明 POIs 标记的报告分子的荧光信号可以作为早期预测 PROTACs 体内治疗效果的合适指标。

ESR 策略对 GPX4 的通用性


为了验证 ESR 策略的通用性,研究人员选择了谷胱甘肽过氧化物酶 4(GPX4)蛋白进行实验。GPX4 是铁死亡的核心调节因子,在细胞代谢中起着重要作用。研究人员将 ML162(一种 GPX4 的共价抑制剂)修饰到 NR 骨架上,制备了环境敏感报告分子 ML - NR。通过分子对接模拟和 CETSA 实验,证实了 ML - NR 能够与 GPX4 蛋白结合。

接着,研究人员合成了几种 GPX4 靶向的 PROTACs,通过监测不同细胞系中经各种 PROTACs 处理后 ML - NR 的信号,筛选出了具有高效降解 GPX4 蛋白能力的 MC8。荧光成像和 WB 实验进一步验证了筛选结果,并且 ML - NR 信号变化趋势与 GPX4 - PROTACs 引发的降解趋势之间存在很强的正相关性,表明 ML - NR 可以作为筛选 GPX4 蛋白降解剂的可靠工具。

在体内实验中,给荷 4T1 肿瘤的小鼠腹腔注射 GPX4 - PROTACs 后瘤内注射 ML - NR,进行荧光成像和 WB 分析。结果显示,MC8 组的 ML - NR 信号显著降低,WB 分析证实该组的 GPX4 蛋白几乎完全降解,并且 ML - NR 信号变化与 GPX4 蛋白水平之间存在很强的正相关性,说明 ML - NR 可以作为无创量化体内 GPX4 蛋白降解的有价值指标。

在这项研究中,研究人员开发的 ESR 策略就像为研究蛋白质降解打开了一扇新的大门。可视化蛋白质降解过程不仅有助于揭示蛋白质降解的机制和调控过程,还能预测与 POIs 相关的降解剂的治疗效果。以往常用的蛋白质免疫印迹法无法满足无创动态监测蛋白质降解的需求,而 ESR 策略很好地解决了这个问题。

研究人员以 BRD4 和 GPX4 蛋白为模型,成功验证了 ESR 策略的有效性和通用性。JQ1 - NR 和 ML - NR 分别为非侵入性定量分析 BRD4 和 GPX4 的水平提供了新方法,并且能够用于筛选和评估相关 PROTACs 的蛋白质降解效果。这种基于 ESR 的荧光成像技术为识别针对 POIs 的降解剂和早期预测 PROTACs 的治疗结果提供了便捷、高通量的方法。

虽然目前该技术还存在一定的局限性,比如依赖于已知配体的蛋白质,但它在蛋白质降解可视化研究中具有重要价值。未来,研究人员希望通过该策略开发更多针对癌症相关治疗靶点的蛋白质降解剂,同时利用分子成像技术进一步优化对 PROTACs 的监测,实现对蛋白质降解的时空可控调节,为蛋白质功能研究和蛋白质降解剂的开发提供更有力的支持,为癌症治疗带来更多新的可能。

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