AI 助力!精准狙击鲍曼不动杆菌,解锁抗菌组合新策略

【字体: 时间:2025年02月23日 来源:npj Antimicrobials and Resistance

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  为解决A. baumannii耐药及新药研发难题,新加坡国立传染病中心研究人员开展利用 IDentif.AI - AMR 平台寻找有效药物组合的研究,发现多种高抑制率组合。该研究为治疗A. baumannii感染提供新策略,强烈推荐科研读者阅读。

  

对抗鲍曼不动杆菌的新 “智” 胜法宝


在全球公共健康的大舞台上,一场无声的战争正在激烈上演,敌人就是日益猖獗的抗菌药物耐药性(AMR)。它如同一个隐藏在暗处的 “超级反派”,不断侵蚀着人类对抗疾病的防线,给全球公共健康带来了前所未有的威胁。而鲍曼不动杆菌(A. baumannii),更是其中的 “佼佼者”,作为医院感染的主要致病菌之一,它就像一个顽固的 “钉子户”,不仅自身具备内在的耐药机制,还能从其他细菌那里 “偷学” 耐药基因,进化出更强的耐药能力。

如今,鲍曼不动杆菌对近 90% 的标准抗菌治疗药物都产生了耐药性,这一数据让人触目惊心。想象一下,医生们手中的 “武器” 越来越少,面对感染鲍曼不动杆菌的患者,常常陷入无药可用的困境。这种情况导致临床治疗效果大打折扣,患者的死亡率飙升至 30% 以上,每一个数字背后,都是一个个生命在痛苦中挣扎。

传统的抗菌药物研发之路也困难重重。尽管从 2013 年到 2019 年,由于经济激励,美国食品药品监督管理局(FDA)批准的抗菌药物数量有所增加,但这些药物大多无法有效对抗像鲍曼不动杆菌这样的 “ESKAPE” 病原体(一类高毒力和耐药性的病原体)。而且,不少药物存在冗余现象,研发资源大量浪费。目前,虽然有 43 种抗生素正在研发中,但其中只有约 15 种有望用于治疗 “ESKAPE” 病原体,且研发过程中面临着高淘汰率的问题。这就好比在黑暗中摸索,投入了大量的时间、精力和资金,却难以找到真正有效的 “光明之路”。

为了解决这些棘手的问题,新加坡国立传染病中心的研究人员在《npj Digital Medicine》期刊上发表了一篇名为 “Ultra-rapid identification of optimized drug combinations against Acinetobacter baumannii using IDentif.AI-AMR” 的论文。他们借助 IDentif.AI-AMR 平台,成功找到了对抗鲍曼不动杆菌的新希望,为这场与耐药菌的战争带来了曙光。

研究人员在这场探索之旅中,运用了多种关键技术方法。他们先是精心挑选了 9 种 FDA 批准的药物,这些药物都是与临床紧密相关且在当地可获取的。接着,通过抗菌药敏试验,检测这些药物对鲍曼不动杆菌的抗菌效果。之后,利用 IDentif.AI 平台进行深入分析,该平台采用二阶二次系列,能巧妙地关联药物组合及其对应的疗效。最后,通过棋盘协同分析和统计分析等手段,全面评估药物组合的协同作用和有效性。这些技术方法相互配合,就像一套精密的 “组合拳”,助力研究人员一步步揭开鲍曼不动杆菌耐药的秘密。

下面,让我们一起走进他们的研究成果。

在研究鲍曼不动杆菌对单一药物治疗的耐药性时,研究人员发现,经过与临床医生和专家的 “头脑风暴” 后挑选出的 9 种药物,在单独使用时,大多数对鲍曼不动杆菌(A. baumannii){2023496441} 菌株几乎没有效果,这与该菌株本身强大的内在耐药性相符。就好像鲍曼不动杆菌给自己穿上了一层厚厚的 “铠甲”,让这些药物难以突破防线。不过,研究人员没有气馁,他们通过构建剂量反应曲线,精准地提取出每种药物的 IC<sub>10</sub>、IC<sub>20</sub>和 IC<sub>50</sub>值,为后续的研究打下了坚实的基础。

为了让 IDentif.AI 分析更精准有效,研究人员在选择药物浓度时可是费了一番心思。他们根据剂量反应分析和药理学数据,确定了 9 种药物在三个不同浓度水平(L0、L1 和 L2)。L0 代表零浓度,而 L1 和 L2 浓度的选择既要考虑临床可行性,又要确保与临床相关。经过测试,他们发现这九个药物的 L1 和 L2 浓度大多对鲍曼不动杆菌(A. baumannii){2023496441} 没有明显疗效,但这也为后续筛选有效的药物组合提供了重要参考。

接下来,就是 IDentif.AI 平台大显身手的时候了。研究人员准备了 91 种精心设计的组合,就像准备了 91 把不同的 “钥匙”,试图找到打开鲍曼不动杆菌耐药大门的那一把。经过实验,IDentif.AI 平台通过二阶二次系列,成功地将这些组合的抑制率数据与单药治疗数据关联起来。它不仅给出了所有可能组合的排名和预测抑制率,还发现了一些潜在的 “潜力股” 组合,比如 SAM/FDC 和 PB/RA。这些组合可能会成为对抗鲍曼不动杆菌的关键 “武器”,为后续的研究指明了方向。

实验是检验真理的唯一标准。研究人员对 IDentif.AI 平台筛选出的组合进行了实验验证。结果令人惊喜,那些被平台看好的组合展现出了强大的实力。像 PB/RA 组合,单药治疗时效果平平,但组合在一起后,竟然能抑制 81.87±31.37% 的鲍曼不动杆菌生长。而且,当加入 FDC 形成三药组合 FDC/PB/RA 时,抑制率更是高达 92.23±11.89%。SAM/FDC 组合也表现出色,单药治疗时抑制率一般,但组合后能抑制 93.89±5.95% 的细菌。这就像不同的食材,单独吃可能味道一般,但巧妙搭配后,却能产生意想不到的美味效果。同时,研究人员还验证了一些低排名组合,发现它们确实效果不佳,这也进一步证明了 IDentif.AI 平台筛选的准确性。

对于 SAM/FDC 和 PB/RA 这两个备受关注的组合,研究人员进行了更深入的协同分析。通过 7×7 棋盘分析和 Bliss 独立性模型协同分析,他们发现 SAM/FDC 组合虽然在某些浓度下有一定效果,但并没有明显的协同作用,甚至在 FDC 浓度较高时还出现了拮抗作用。而 PB/RA 组合则表现亮眼,在不同剂量比下展现出强大的协同作用,尤其是当 PB 剂量为 1.106μg/mL,RA 剂量较低时,协同作用更为显著。这就好比两个配合默契的队友,PB 先打破鲍曼不动杆菌的外层防线,让 RA 更容易发挥作用,抑制细菌的 RNA 合成,从而达到更好的抗菌效果。

研究人员还想知道 PB/RA 组合是不是 “一招鲜,吃遍天”。于是,他们在另外三种泛耐药鲍曼不动杆菌临床分离株(2033643894、C1687 和 C1718-B)中进行测试。结果发现,这个组合在这些菌株中也表现出了强大的协同作用,虽然在不同菌株中,发挥最佳效果的浓度有所不同,但总体来说,它具有广泛的适用性,就像一把万能钥匙,虽然不能完全适配所有锁,但对很多锁都能起到一定的作用。

在讨论部分,研究人员对 IDentif.AI-AMR 平台的优势进行了深入探讨。与传统的抗菌药敏试验(AST)相比,IDentif.AI-AMR 平台就像一个聪明的 “小助手”,它能利用更少的组合数据,快速准确地确定最佳药物组合和剂量,大大提高了研究效率,还能为现有 AST 驱动的方法提供更好的资源管理。而且,IDentif.AI 平台不需要依赖大量的先验数据,就能从现有的 FDA 批准药物中找到有效的组合,这对于加快抗菌药物研发进程,应对日益严重的 AMR 问题具有重要意义。

当然,这项研究也存在一些不足之处。比如,虽然 PB/RA 组合在多种菌株中表现良好,但不同菌株对该组合的反应并不完全一致,这可能与菌株的遗传变异性和耐药机制有关。而且,研究没有评估这些组合的细胞毒性,在未来的临床应用中,这是需要重点考虑的问题。此外,实验只评估了三个浓度水平,可能会遗漏一些潜在的药物相互作用。但这些不足并不能掩盖研究的重要价值,它为未来的研究指明了方向。

总的来说,这项研究利用 IDentif.AI-AMR 平台,为对抗鲍曼不动杆菌提供了新的治疗策略。研究发现的 PB/RA 等组合,具有潜在的临床应用价值,有望成为治疗鲍曼不动杆菌感染的新选择。同时,该研究也为其他 “ESKAPE” 病原体的研究提供了借鉴,展示了一种可持续的药物组合优化方法。未来,研究人员可以进一步扩大药物筛选范围,深入研究药物组合的作用机制,评估其在临床应用中的安全性和有效性,为解决抗菌药物耐药性问题做出更大的贡献。这场与耐药菌的战争还在继续,但有了这些新的研究成果,我们离胜利又近了一步。

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