MyCeno 2.0:解锁新生代真菌化石密码,探寻生态演变奥秘

【字体: 时间:2025年02月22日 来源:Scientific Data 5.8

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  为解决真菌化石记录难以获取、陈旧等问题,相关研究人员开展 MyCeno 2.0 数据集研究,得出包含 3484 条记录等结果。该数据集有助于研究真菌进化等,强烈推荐科研读者阅读,挖掘更多科研价值。

  
在地球漫长的历史长河中,新生代(过去的 6600 万年)一直是科学家们研究气候变化及其对生物群落影响的重要时期。如今,我们对新生代全球植被分布已经有了较为深入的了解。然而,在生态系统中扮演着至关重要角色的真菌,却一直没有得到足够的重视。

真菌可是个古老又神奇的 “大家族”,它们在十亿多年前就已经出现在地球上,据估计,真菌的种类多达 250 万种。在生态系统中,真菌就像勤劳的 “小卫士”,肩负着许多重要使命。它们参与分解有机物,让营养物质得以循环利用;和大多数植物形成共生关系,帮助植物更好地生长。而且,真菌的化石记录其实相当丰富,虽然像蘑菇这类柔软身体的真菌不太容易保存下来,但大量的真菌孢子(繁殖细胞)、菌丝(丝状的非繁殖结构)以及附生真菌(附着在植物表面的真菌)的化石却保存得很好。

但目前,想要研究真菌化石的科学家们却遇到了不少难题。以前有一个综合记录孢粉形态出版物的资源,里面包含真菌化石孢子的记录,也就是存放在伦敦自然历史博物馆的约翰?威廉姆斯古孢粉学索引,不过它现在还没有数字化线上版本,查阅起来非常不方便。还有其他整理真菌化石记录的工作,有的只是针对某个国家,局限性很大;有的数据库虽然用户界面友好,可里面记录的信息更新不及时,像年龄估计和分类信息等都比较陈旧。

为了解决这些问题,来自相关研究机构的研究人员在《Scientific Data》期刊上发表了题为《MyCeno 2.0: A global dataset of Cenozoic fossil fungi》的论文。他们带来了一个全新的数据集 ——MyCeno 2.0,这个数据集意义非凡,它就像是一把打开真菌化石研究新世界的钥匙。

研究人员为了打造这个数据集,采用了多种技术方法。首先是数据采集,他们从在线同行评审文献以及约翰?威廉姆斯古孢粉学索引中收集新生代真菌化石记录,重点转录了中新世的化石记录。采集过程中,详细记录化石的位置、地质层等信息,位置坐标能直接获取就直接转录,无法获取就根据描述进行估算并做好标记。然后,研究人员更新年龄估计并分级确定年代的不确定性,通过查阅新的科学文献,对过时或范围过大的年龄估计进行更新,还用定性分级系统评估年代测定技术的可靠性。最后,在命名和分类审查方面,借助 Index Fungorum、Catalogue of Life 等数据库,确定化石的正确学名、同义词和分类,还会参考其他资料,判断化石属是否现存,从而确定最近的现存亲属。

下面我们来看看研究的具体结果。

  1. 数据集概述:MyCeno 2.0 数据集涵盖范围极广,地理分布上,它包含了来自 44 个国家、七大洲的 3484 条真菌化石记录。时间跨度方面,这些化石年龄估计覆盖了整个新生代,尤其是中新世的真菌化石记录特别全面。从化石类型来看,至少 67% 的记录是孢子,18% 是孢子承载结构。研究人员还详细记录了位置、地质和分类等信息,方便大家从不同角度搜索和分析数据。而且,经过技术验证更新,不少记录都有了更准确的信息,比如 19% 的记录能确定所属门,20.6% 的记录找到了最近的现存亲属,85.9% 的记录有了正确的学名,大部分记录都有引用来源,57.7% 的记录还有数字对象标识符(DOI),数据集以 CSV 文件形式提供,方便大家用代码或 Excel 进行处理。
  2. 数据记录:MyCeno 2.0 数据集在https://doi.org/10.5281/zenodo.10792807这个网址就能获取,它由三个 CSV 文件组成,分别记录真菌化石信息(MyCeno_records.csv)、数据集所有来源的引用(MyCeno_citations.csv)以及列信息(MyCeno_column_info.csv) ,为研究提供了丰富的数据资源。
  3. 技术验证:研究人员对数据进行了严格的技术验证。他们更新了 14 个地点的年龄估计,让 84 条化石记录的年龄估算更准确。同时,还检查并更新了所有化石记录的命名法,在相关列中展示更新后的信息,还保留了原始描述,方便对比查看。
  4. 用法说明:为了让大家更好地使用数据集,研究人员对各列信息进行了详细说明。像 “ID_location”“ID_layer” 等列,分别给不同的位置、地层等提供了数字标识符,避免名称重复带来的混淆。“Higher_classification” 列展示了生物所属的更高级分类,从科级往上。“Dating_technique” 列明确了年代测定技术的类别,“Sediment” 列说明了沉积物的类型,“Fossil_type” 列则描述了化石的真菌身体部位类型 。不过,这个数据集也有一些局限性。真菌的命名法和分类一直在变化,虽然研究人员在建立数据集时参考了权威数据库,但未来还是可能会有更新。地质形成的年代测定也可能因为新研究而改变,导致化石年龄估计不准确。而且 MyCeno 2.0 对中新世记录覆盖较好,其他时期的记录还不完整,制作过程中也可能存在一些小的拼写错误和误差。

总的来说,MyCeno 2.0 数据集的出现意义重大。它为想要研究新生代真菌化石记录的人们提供了一个便捷的入口。通过这个数据集,科学家们可以更好地了解真菌在时间和空间上的分布情况,解读真菌的进化历史,为研究过去的环境以及与真菌相关的古代生物群落提供有力证据。虽然它还存在一些不足,但这也为后续研究指明了方向。相信在未来,随着研究的不断深入,真菌化石研究领域会取得更多突破,我们也能更加深入地了解这个神秘而又重要的真菌世界。

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