reg-eQTL：整合转录因子效应，揭秘调控变异，解锁基因调控密码

为解决现有表达数量性状基因座（eQTL）方法难以精准定位因果变异的问题，研究人员开展 reg-eQTL 计算方法研究。该方法将转录因子（TF）效应等纳入 eQTL 分析，在模拟实验和实际应用中表现良好，有助于揭示基因调控机制。

　　调控单核苷酸变异（rSNVs）位于基因组的非编码区域，它们能通过改变转录因子（TF）的结合、染色质状态以及其他表观遗传修饰，在基因转录过程中发挥关键作用。现有的表达数量性状基因座（eQTL）方法虽能识别与基因表达变化相关的基因组位点，但在确定因果变异方面往往存在不足。reg-eQTL 是一种计算方法，它把转录因子（TF）的效应以及与遗传变异的相互作用整合到 eQTL 分析中。这种方法能更深入地洞察调控机制，通过揭示转录因子（TF）与单核苷酸变异（SNVs）如何相互作用来影响基因表达，让我们在识别潜在因果变异的道路上更近一步。该方法定义了由一个遗传变异、一个靶基因和一个转录因子（TF）组成的三元组，并测试其对基因转录的影响。在全面的模拟实验中，与传统的 eQTL 方法相比，reg-eQTL 在检测群体频率低、效应弱且与转录因子（TF）存在协同相互作用的调控单核苷酸变异（rSNVs）方面，能力更优。将 reg-eQTL 应用于来自肺、脑和全血组织的基因型 - 组织表达（GTEx）数据后，发现了包含 eQTL 的调控三元组，还增加了不同组织类型共有的 eQTL 数量。基于这些三元组构建的调控网络，揭示了不同组织类型间复杂的基因调控关系。