空间转录组助力单细胞转录组定位：STALocator 开启空间生物学研究新篇

为解决单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）缺乏空间信息，空间转录组（ST）数据质量不如单细胞转录组数据的问题，研究人员开发了 STALocator。其在模拟数据及人脑、鳞状细胞癌数据应用中表现出色，能增强基因表达分析，助力相关研究。

　　单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）技术能够在单细胞分辨率下测量基因表达，但却缺失空间信息。而空间转录组学（ST）技术虽然能同时提供基因表达数据和空间信息，可其在空间分辨率或基因覆盖范围上的数据质量，仍远低于单细胞转录组学数据。为此，研究开发了用于单细胞转录组学的 ST 辅助定位器（STALocator），以将单细胞定位到相应的 ST 数据上。在模拟数据上的应用显示，STALocator 的表现优于其他定位方法。当应用于人脑和鳞状细胞癌数据时，STALocator 能够稳健地重建关键细胞群的相对空间组织。此外，STALocator 还可以增强 Slide-seqV2 数据的基因表达模式，并预测荧光原位杂交（FISH）和 Xenium 数据的全基因组基因表达数据。与原始数据相比，这使得能识别出更多的空间可变基因和更具生物学相关性的基因本体论（GO）术语。本文的透明同行评审过程记录包含在补充信息中。