Single-molecule m6A detection empowered by endogenous labeling unveils complexities across RNA isoforms：单细胞内源性标记技术揭秘 RNA 异构体中 m6A 修饰的复杂奥秘

为探究不同 RNA 异构体上 N6- 甲基腺苷（m6A）修饰情况，研究人员在 HEK293T 细胞中开展相关研究。他们通过特定突变标记 m6A 位点，训练 m6Aiso 模型进行分析。结果揭示了 m6A 位点的关联及调控机制，有助于深入理解 m6A 修饰的复杂性。

　　不同 RNA 异构体上 N⁶- 甲基腺苷（m⁶A）的修饰情况尚未完全明晰。在 HEK293T 细胞中，研究人员利用 APOBEC1-YTH 诱导的 10 - 100 nt 之外的 C 到 U 突变，对内源性甲基化的 m⁶A 位点进行标记，这些位点位于牛津纳米孔技术（ONT）的直接 RNA 测序（DRS）单条读长上，由此获得 1,020,237 个 5 聚体单读长 m⁶A 信号。随后，研究人员训练了 m6Aiso，这是一种深度残差神经网络模型，能够在单读长分辨率下精准识别和量化 m⁶A。通过分析 m6Aiso 测定的单读长和异构体上的 m⁶A，研究发现了 m⁶A 位点沿单分子的距离依赖性联系。同时，还发现内含子保留异构体上相同 m⁶A 位点的特异性甲基化，部分原因是它们与外显子连接点的距离不同，以及 TARBP2 的异构体特异性结合。此外，研究人员发现转录因子 SMAD3 在上皮 - 间质转化过程中促进其转录的 RNA 异构体上 m⁶A 的沉积，从而对具有可变启动子的异构体进行 m⁶A 的异构体特异性调控。该研究强调了 m6Aiso 在阐释 RNA 异构体中 m⁶A 的复杂动态和复杂性方面的有效性。