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为解决猪场微生物污染及 NaDCC 消毒效果不明的问题,上海理工大学等单位研究人员开展相关研究,发现猪场微生物污染特征及 NaDCC 消毒效果,为改善消毒方案提供依据,推荐科研读者阅读。
猪场微生物污染特征与消毒效果评估研究解读
在当今世界,猪肉作为人们餐桌上的常见美食,其安全问题备受关注。中国的养猪业发展迅猛,为全球提供了近 50% 的猪肉。但随着养猪规模的不断扩大,一系列问题也接踵而至。
猪场就像一个隐藏着诸多秘密的 “小世界”,里面存在着大量的污染物,其中不乏能在动物和人之间传播的病原体(人畜共患病原体),这些病原体对环境和人类健康构成了巨大威胁。据公共卫生统计,每年约有 25 亿人感染人畜共患病,270 万人因此丧生,大约 60% 的新出现传染病都和人畜共患病原体有关。像农场的粪便样本中,弯曲杆菌的检出率高达 1 00%,金黄色葡萄球菌的检出率也有 48%,没有感染沙门氏菌的猪一旦接触被污染的环境,也很容易患病。
为了保障人和动物的健康,消毒就显得尤为重要。含氯消毒剂在消毒领域应用广泛,“84 消毒剂” 就是中国猪肉批发市场常用的消毒剂,它的主要成分是次氯酸钠(NaClO)和表面活性剂。而二氯异氰尿酸钠(NaDCC)作为一种含氯化合物,因成本低、稳定性高、安全性好、溶解性强、便于操作和储存等优点,成为次氯酸钠的常用替代品,能在 20ppm 的浓度下杀灭 99% 的细菌,常用于各种环境的消毒。可令人担忧的是,目前关于 NaDCC 消毒对猪场细菌污染影响的研究却少之又少。
就在这样的背景下,为了深入了解猪场的微生物污染情况,探索有效的消毒策略,上海理工大学等单位的研究人员在《Animal Diseases》期刊上发表了题为 “Unraveling the microbial contamination characteristics of pork farms and disinfection efficacy assessment via high-throughput sequencing” 的论文。他们通过研究,发现了许多重要信息,这些发现对于保障猪肉质量安全、维护人和动物的健康有着重要意义。
在这项研究中,研究人员采用了多种技术方法。首先是样本采集,他们在 2023 年 7 月选择了中国金华的武夷猪场,这个猪场大约能养 500 头猪,且每两天会进行一次消毒。研究人员在消毒前后,从不同区域采集了 84 个样本,包括仔猪和母猪的皮肤样本,以及猪场不同区域的环境样本。接着是 DNA 提取,用特定试剂盒从样本中提取微生物 DNA,并对其浓度和质量进行检测。然后是 PCR 扩增、测序与分析,利用特定引物对 16S rRNA 进行 PCR 扩增,对产物纯化后构建文库并测序,通过一系列操作分析微生物群落特征,还使用了多种软件和工具进行多样性分析、差异分析等。最后,用 R 软件进行统计分析,借助 GraphPad Prism 8 进行数据可视化处理。
下面来看看具体的研究结果:
ASV 特征(扩增子序列变体特征)
研究人员总共得到了 5,202,770 条高质量有效序列,并将它们聚类成 8,074 个 ASV。测序深度和样本数量都符合分析要求,测序结果显示出良好的均匀性和丰富度。不同区域的 ASV 数量有所不同,谷仓过道的 ASV 数量最多,生活区地板在消毒后 ASV 数量显著下降,母猪皮肤的 ASV 数量和读数都比仔猪皮肤多。
样本表面微生物污染特征
不同样本表面的微生物群落差异很大,总共鉴定出 29 个门、63 个纲、139 个目、257 个科、726 个属和 550 个种。在门水平上,厚壁菌门(42.6%)和变形菌门(24.2%)占主导地位,不同区域的优势门有所不同,母猪谷仓中变形菌门占主导,产仔舍和生活区则是厚壁菌门占主导,仔猪皮肤样本中厚壁菌门更是高达 87.5%。在属水平上,鉴定出 20 个最丰富的属,如不动杆菌、葡萄球菌等。在种水平上,松鼠葡萄球菌、粪肠球菌和大肠杆菌等较为常见,而且大肠杆菌和马肠链球菌在所有样本中都存在。
NaClO 消毒后分类学特征的差异
Chao1 指数用于衡量物种丰富度,Shannon 指数则能评估丰富度和均匀度。消毒前后的 alpha 多样性没有显著差异,但生活区的 Chao1 和 Shannon 指数有所下降,产仔舍猪栏地板的这两个指数也下降了,而母猪皮肤的 Chao1 和 Shannon 指数在消毒后却增加了。主坐标分析(PCoA)显示,大多数样本的微生物结构比较接近,但产仔舍的样本(猪栏地板、仔猪皮肤)形成了一个单独的簇。消毒对生活区地板的微生物组成有显著影响,而母猪样本在消毒前后微生物组成没有显著差异,这暗示可能存在交叉污染。
猪肉皮肤与环境样本之间的相关性分析
通过网络推断和 Spearman 相关性分析发现,在属水平上,仔猪皮肤的主要宿主菌是气球菌和乳球菌,环境样本的主要宿主菌是魏斯氏菌和恩佩多克勒氏菌;在种水平上,仔猪皮肤的主要病原菌是粪肠球菌。母猪皮肤的细菌丰度与猪栏地板的细菌丰度高度正相关,说明这两种样本之间可能存在细菌交叉污染;生活区地板样本的细菌丰度与其他样本的相关性较低,表明 NaDCC 在该区域有较好的去污效果。此外,通过线性判别分析(LDA)还发现,NaDCC 消毒对拟杆菌属影响较大,对芽孢杆菌属影响较小,且消毒会降低抗菌途径中的耐药性相对丰度。
从研究结论和讨论部分来看,这次研究意义非凡。研究发现,不同区域在消毒前后的微生物群落有着明显差异,NaDCC 消毒虽然改变了猪场的微生物组成,但并不能完全防止大肠杆菌的污染,环境因素在病原体传播中起着重要作用。
在猪场中,葡萄球菌是仔猪皮肤样本中的常见菌,而不动杆菌在母猪皮肤样本中占主导,这两种菌都具有抗生素耐药性,对人和动物的健康构成潜在威胁。而且大肠杆菌和马肠链球菌在所有样本中都存在,大肠杆菌是温血动物和爬行动物胃肠道和粪便中的常见菌,会引发多种疾病,每年导致超过 200 万人死亡;马肠链球菌虽然在部分研究中与食品保存有关,但它也能引起奶牛的一些疾病,还曾在法国导致 16 例感染性心内膜炎病例。
此外,研究还发现 NaDCC 消毒后,某些细菌的相对丰度增加了,这可能是因为细菌本身具有耐药性,或者是消毒剂使用不当、环境中存在有机物等原因。而且 NaDCC 对动物可能存在潜在毒性,有热危害、口服毒性和吸入毒性,在韩国,加湿器消毒剂中的 NaDCC 就曾导致多人死亡。与传统的消毒方法相比,像光催化和压电催化等先进氧化过程,能更有效地降解有机污染物,产生更少的有毒副产物,或许是未来消毒技术的发展方向。
总的来说,这项研究为我们深入了解猪场微生物污染情况提供了重要依据,也为制定更科学的消毒方案、保障猪肉质量安全、促进 “同一健康”(One Health)理念的实施提供了有力支持。它就像一盏明灯,照亮了猪场微生物研究的道路,为后续的研究和实践指明了方向。
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