基于 m7G 基因构建带状疱疹疾病风险模型:开启精准诊疗新征程

【字体: 时间:2025年02月11日 来源:Scientific Reports 3.8

编辑推荐:

  为探究 m7G 代谢相关基因 mRNA 水平与带状疱疹(HZ)预后的关联,福建医科大学附属协和医院研究人员分析相关数据集。结果发现 NSUN2、AGO2 和 SNUPN 差异表达,构建的列线图模型预测能力良好。该研究为 HZ 风险预测提供新方法111。

  在生活中,带状疱疹(HZ)就像一个时不时冒出来捣乱的 “小怪兽”,给人们带来不少困扰。它是由水痘 - 带状疱疹病毒(VZV)在体内重新激活引发的,在老年人中更为常见。随着新冠疫苗接种人数的增加,HZ 的发病率也有所上升,而且人口老龄化趋势也让它愈发受到关注。目前,VZV 感染的表现因人而异,其易感性和发病机制还没有完全弄清楚。同时,虽然 m7G 修饰在很多疾病发展中都起着重要作用,可它在带状疱疹疾病中的具体机制却还不明确。在这样的背景下,福建医科大学附属协和医院的研究人员决心深入探索,开展了关于 m7G 基因表达与带状疱疹疾病风险模型构建的研究。他们的研究成果发表在《Scientific Reports》上,为我们了解带状疱疹提供了新的视角和方向。
研究人员为了深入探究 m7G 代谢相关基因 mRNA 水平与带状疱疹预后的关系,开展了一系列研究。在技术方法上,主要运用了以下几种:一是从 GEO 数据库下载包含带状疱疹患者转录谱的 GSE242252 数据集,这些数据来自患者外周血样本,经过处理得到转录组数据并进行归一化分析;二是使用 R 软件进行统计分析,包括对数据的分类、富集分析等;三是通过 qRT-PCR 检测相关基因的相对表达水平23

下面来看具体的研究结果:

  • m7G 基因在带状疱疹患者中的表达:研究纳入了 49 例带状疱疹患者和 31 例健康对照。通过分析发现,带状疱疹患者中 NSUN2 水平显著上调,AGO2 和 SNUPN 表达显著下调。qRT-PCR 进一步验证了这一结果。而且根据这些基因的表达情况,可将患者分为 m7G - cluster A 和 B 两组,两组之间基因表达存在差异4
  • m7G 聚类和免疫浸润分析:研究发现 m7G - cluster B 中活化的 CD4+T 细胞和活化的 CD8+T 细胞浸润显著高于 m7G - cluster A。同时,AGO2 与活化的 CD4+T 细胞和 CD8+T 细胞呈负相关,NSUN2 与未成熟 B 细胞呈正相关。对差异表达基因(DEGs)进行功能富集分析,发现 GO 分析主要富集在氧化磷酸化等方面,KEGG 分析显示主要集中在神经系统疾病和病毒感染相关疾病56
  • 基因聚类和 m7G 评分聚类:根据 301 个 DEGs 的表达,患者被重新分为基因簇 A 和 B 两组。基因簇 A 中 AGO2 表达更高,活化 B 细胞、活化 CD4+T 细胞和活化 CD8+T 细胞的浸润丰度低于基因簇 B。基于 m7G 基因表达评估的 m7G 评分显示,基因 /m7G 簇 B 的评分低于基因 /m7G 簇 A,且根据 m7G 评分分组与其他亚型分组的结果吻合度较好78
  • 建立带状疱疹预测模型:研究人员运用随机森林(RF)模型和支持向量机(SVM)模型进行比较,最终选择 RF 模型筛选与带状疱疹相关的基因。确定了 NSUN2、SNUPN 和 AGO2 三个重要基因,并构建了列线图模型。该模型经过校准曲线、决策曲线分析(DCA)等验证,具有良好的预测能力,预测的高风险组与实际高风险组吻合度较高910

在研究结论和讨论部分,研究人员发现 NSUN2、AGO2 和 SNUPN 这三个基因在带状疱疹患者中差异表达,基于 m7G 聚类可区分疾病亚组。虽然目前还不清楚 AGO2 与 VZV 复制的关系,T 细胞变化的具体机制也有待验证,但 KEGG 结果表明 m7G 在 VZV 感染中可能有重要作用。与以往基于临床指标的预测模型不同,该研究构建的基于 m7G 相关基因的列线图模型能较好地预测疾病风险。不过研究也存在一些不足,比如缺乏临床数据,样本量有待扩大等。总体而言,这项研究构建的疾病风险模型可以预测 HZ 的发病,m7G 相关基因有助于对 HZ 患者进行疾病分组,为进一步探索 m7G 与 HZ 其他表型的关系提供了基础,也让我们对带状疱疹的认识又前进了一步,为未来的临床诊疗和研究开辟了新的道路。

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 急聘职位
  • 高薪职位

知名企业招聘

热点排行

    今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号