基于通用荧光多重 PCR 检测儿童肿瘤中 BCOR 基因改变：研发、优化与应用

为解决儿童肿瘤（如肾透明细胞肉瘤 CCSK 等）中 BCOR 基因相关异常检测方法不足的问题，研究人员开展了通用荧光多重 PCR（UFMPCR）检测 BCOR 基因改变的研究。结果显示该方法灵敏、特异，能有效检测相关基因异常，为肿瘤诊断提供新手段。

　　在儿童肿瘤的世界里，有一些 “调皮捣蛋” 的家伙总是让医生们头疼不已。肾透明细胞肉瘤（CCSK）、伴有 BCOR 基因改变的肉瘤、婴儿原始黏液样间叶肿瘤（PMMTI）以及高级别神经上皮肿瘤（HG-NETs）等，它们虽然症状表现和生长位置各有不同，但却有着相似的 “作案手法”—— 都存在 BCOR 基因内部串联重复（ITD）和基因融合（主要是 BCOR::CCNB3、BCOR::MAML3 和 YWHAE::NUTM2）这些遗传改变。而且，这些肿瘤的细胞形态看起来很相似，就像一群穿着相似衣服的 “小怪兽”，都由原始的圆形或梭形细胞组成，排列在不同的黏液样基质和细小血管中，免疫组化特征也不具有特异性，这使得经验丰富的病理学家在诊断时都感到困难重重。传统的检测方法，比如检测 BCOR ITDs 常用的聚合酶链反应（PCR）结合琼脂糖凝胶电泳，以及检测 BCOR 和 YWHAE 重排的逆转录 PCR 或荧光原位杂交（FISH），都无法同时检测这两种异常。虽然下一代测序（NGS）可以做到，但它操作复杂、成本高、耗时长，因此，迫切需要一种灵敏、特异、快速且经济的检测方法。

为了解决这些难题，首都医科大学附属北京儿童医院的研究人员挺身而出，开展了一项极具意义的研究。他们验证了一种基于通用荧光多重 PCR（UFMPCR）的检测方法，用于同时评估 BCOR ITDs、BCOR::CCNB3、BCOR::MAML3 和 YWHAE::NUTM2 融合。这项研究成果发表在《Diagnostic Pathology》上，为儿童肿瘤的诊断带来了新的曙光。

研究人员在开展研究时，用到了几个关键的技术方法。首先，收集了 2019 年 1 月至 2023 年 12 月北京儿童医院病理科诊断为肿瘤的患者的 43 例福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）肿瘤标本。然后，通过设计特异性引物，利用 UFMPCR 技术进行检测。同时，采用免疫组化、荧光原位杂交（FISH）等方法辅助分析，并通过毛细管电泳和桑格测序（Sanger sequencing）对 PCR 产物进行检测。

研究结果如下：

1. 检测方法的开发与优化：成功建立了基于 UFMPCR 的 BCOR 改变检测方法。通过优化通用引物和嵌合引物的比例，发现 10:1 为最佳比例，此时扩增效果最好。
2. 检测方法的性能评估：该检测方法表现出色，扩增效率在 95 - 106% 之间，融合基因的最低检测限为 10 拷贝，BCOR ITDs 的最低检测限为 0.32ng 基因组 DNA，且无非特异性干扰产物。
3. 临床样本检测：在检测 17 例未分化小圆细胞肉瘤（USRCS）时，检测到 3 例 BCOR::CCNB3 融合和 2 例 BCOR ITDs，对 USRCS 检测的灵敏度和特异性均达到 100%。在检测 26 例形态学诊断为 CCSK 的样本时，检测到 18 例 BCOR ITDs、1 例 BCOR::CCNB3 和 1 例 YWHAE::NUTM2，最终对 CCSK 检测的灵敏度为 91%，特异性为 100%。而且，UFMPCR 检测结果与 Sanger 测序结果一致。此外，研究还发现该检测方法能够检测出肿瘤细胞占比低至 1% 的样本。
4. 免疫组化评估：与 UFMPCR 检测相比，BCOR 免疫组化的灵敏度为 92%，特异性为 84%。

研究结论和讨论部分指出，该研究验证的基于 UFMPCR 的检测方法可以同时检测多种 BCOR 相关的基因异常，检测限低，在 FFPE 肿瘤样本检测中具有高灵敏度和特异性。该方法引入通用荧光引物，结合高分辨率毛细管电泳，克服了传统多重 PCR 的一些技术限制，操作简单、省时、经济，适用于 FFPE 肿瘤组织检测，能够为具有趋势性组织学诊断的病例提供快速诊断和鉴别诊断，有助于早期诊断和治疗。不过，它也不能完全替代 NGS。同时，研究中未观察到 BCOR::MAML3 融合，可能与研究病例数量有限有关。总体而言，这项研究为儿童肿瘤中 BCOR 基因改变的检测提供了一种新的有效手段，对儿童肿瘤的诊断和治疗具有重要意义。