从佛罗里达州阿帕拉契科拉湾分离出的两种嗜盐杆菌（Halobacteriovorax）菌株的基因组序列草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequences of two Halobacteriovorax strains isolated from Apalachicola Bay, Florida

本研究从美国Apachelicola Bay Dickerson Bay分离出Halobacteriovorax属GFR7和GFR8菌株，完成基因组测序。基因组长度分别为3,420,318和3,420,369 bp，N50达2,950,718和2,950,716 bp，GC含量37%，含3,318和3,320个DNA编码区。通过Prokka pipeline和NCBI PGAP进行注释，并与Bacteriovorax sp. BAL6_X比较，ANI达91.5%，证实两者同属，且该属系Bacteriovorax属重新分类所得，揭示其在海洋生态系统中的关键作用。

　　

摘要

捕食性细菌在水生环境中很常见，并与真核宿主相关联。在这里，我们报告了两种海洋分离株的基因组草图序列，即来自美国佛罗里达州阿帕拉契科拉湾迪克森湾的 Halobacteriovorax 种 GFR7 和 GFR8 菌株。

公告

Halobacteriovorax（以前称为 Bacteriovorax）是海洋和半咸水栖息地中的专性细菌捕食者（1–5）。该属的物种被认为是“关键物种”，因为它们在生态系统结构中起主导作用（1）。

我们介绍了两种 Halobacteriovorax 菌株的基因组，GFR7 和 GFR8，它们是从美国佛罗里达州阿帕拉契科拉湾的迪克森湾（位于 Gulf Specimen Marine Laboratory 附近，坐标 30.025614°N, 84.382839°W）分离得到的。水样被收集后置于冰上并运输到佛罗里达农工大学。菌株是从培养在 Vibrio vulnificus 上的 PP20 培养平板中分离出来的。为了获取基因组 DNA，这些平板被重新悬浮在 40 mL 的新鲜培养的 V. parahaemolyticus 中。澄清后的培养物通过 0.45 μm 注射器过滤器过滤两次。过滤液在 21,300 × g 的离心力下离心 20 分钟以沉淀 DNA，然后根据制造商的说明（Thermo Fisher Scientific）使用 Invitrogen PureLink Genomic DNA Kit 提取 DNA。使用 Nanodrop 分光光度计测定 DNA 的数量和质量。DNA 样本随后被送往 SeqCenter, LLC（宾夕法尼亚州匹兹堡）进行 Illumina 全基因组测序，使用的是 Illumina DNA Prep Kit。测序是在 Illumina NovaSeq X Plus 测序仪上进行的，得到了 GFR7 和 GFR8 的 2,926,628 和 3,073,590 对配对读取（表 1）。除非另有说明，所有软件都使用了默认参数。GFR7 的原始读取的 Phred Q30 分数为 95.5%，GFR8 为 94.7%（6）。原始读取使用 Unicycler（7）在 Galaxy（8）（usegalaxy.org 版本 25.1.rc1）公共服务器上组装成 contigs。Contigs 被上传到 Geneious Prime 2025.0.3 中，并使用默认的参考图谱和 de novo 组装功能进行扩展和合并。基因组通过 Prokka Pipeline（9, 10）在 Galaxy（8）上进行注释；上传到国家生物技术信息中心（NCBI）后，数据使用 NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline（PGAP）（11）重新分析。

表 1

表 1 GFR7 和 GFR8 的测序统计信息

菌株	总读取数	基因组大小（bp）	N50（bp）	平均覆盖度	G/C 含量	编码区域	假定蛋白质
GFR7	2,926,628	3,420,318	2,950,718	120x	37%	3,318	3,272
GFR8	3,073,590	3,420,369	2,950,716	125x	37%	3,320	3,274

JBPBLS010000002.1JBPBLS010000003.1JBPBLR010000003.1JBPBLR010000002.1

单个 contig 信息
	Contig 1 的访问号	Contig 1 的大小（bp）；是否环化	Contig 2 的访问号	Contig 2 的大小（bp）	Contig 3 的访问号	Contig 3 的大小（bp）
GFR7	JBPBLS010000001.1	97,014	97,014	372,586	2,950,718
GFR8	JBPBLR010000001.1	97,014	97,014	372,639	2,950,716

^a

Contigs 按从小到大的顺序显示。