在经过基因工程改造的益生菌大肠杆菌Nissle 1917中,果糖驱动5-氨基乙酰丙酸的生物合成过程
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时间:2025年12月19日
来源:ACS Sustainable Chemistry & Engineering 7.3
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高效5-ALA生物合成:基于工程EcN的代谢通路优化与碳源调控研究。通过整合T7RNA聚合酶系统、过表达高效ALAS酶(SahemA)及TCA循环关键酶(pyc、gltA),构建了EcN的模块化代谢工程平台。实验表明果糖作为碳源可显著提升细胞生长和5-ALA产量(摇瓶10.74 g/L,超量生产器9.44 g/L),分阶段补料策略有效缓解代谢瓶颈,且EcN相比商业菌株BL21表现出更优的碳代谢效率和临床适用性。
5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)作为卟啉类化合物的前体,在农业增产和肿瘤光动力治疗中具有重要价值。传统化学合成法存在步骤繁琐、毒性物质多等问题,而微生物生物合成因可再生资源和模块化改造潜力,成为研究热点。然而,现有研究多聚焦于实验室菌株BL21或K-12,这些菌株虽能实现较高产量(如63.39 g/L),但缺乏益生菌安全性认证和肠道环境适应性。本文创新性地以大肠杆菌Nissle 1917(EcN)为底盘细胞,通过代谢通路重构和工艺优化,首次在益生菌体系中实现5-ALA的高效合成(单批次产量达10.74 g/L),为开发临床级生物制造平台奠定基础。
**代谢通路重构策略**
研究团队采用"双路径协同调控"模式突破传统瓶颈。首先,引入溶原性噬菌体T7RNA聚合酶整合系统,通过λ噬菌体位点(ET7L)的整合实现更稳定的转录调控,相比HK022位点(ET7H)的菌株,其5-ALA产量提升近3倍(2.68 g/L vs <1 g/L)。其次,构建多基因协同表达体系:
1. **关键酶优化**:从红衣藓(Sphingobium amiense)中克隆的SahemA基因经定向进化,催化效率较传统ALAS基因提升40%,且在EcN中表现出极强稳定性。
2. **碳代谢流调控**:通过过表达丙酮酸羧化酶(pyc)和草酰乙酸合成酶(gltA)构建TCA循环增强模块,使琥珀酰-CoA前体浓度提升2.3倍。值得注意的是,协同表达pyc和gltA的SYG菌株较单一表达ppc的SP菌株,在碳分配效率上提高18.6%。
3. **前体供应网络**:引入丝氨酸羟甲基转移酶(glyA)增强精氨酸-天冬氨酸途径,配合分阶段补料策略,使关键中间体浓度波动降低65%。
**碳源适配性突破**
研究系统评估了6种碳源对EcN的代谢影响:
- **葡萄糖**:虽能快速启动代谢(OD600达3.8 h),但引发显著醋酸(Ac)和乳酸(La)积累(分别达2.1 g/L和1.8 g/L),碳转化率仅42.3%
- **甘油**:虽支持最大生物量(OD600 3.17),但NADPH/NADP+比值失衡导致ALAS活性下降37%
- **果糖**:展现出独特优势:
1. 利用效率达91.4%(葡萄糖为78.2%),因其EcN特异性转运蛋白FruP的8位点突变(G239A、D241E、S244L)显著增强底物亲和力
2. 氧化还原平衡更优(NADPH/NADP+ 1.82 vs 葡萄糖的1.45)
3. 分解途径主要生成丙酮酸(占比68%)而非乳酸/乙醇酸,更适配C4途径需求
通过同位素示踪发现,果糖经磷酸化后直接进入TCA循环,较葡萄糖需少4步代谢转换,使5-ALA合成效率提升2.1倍。
**动态工艺优化体系**
研究提出"代谢流-环境因子"双维度调控模型:
1. **分阶段补料策略**:
- 阶段1(0-12h):以果糖为主(5 g/L)维持快速生长(OD600增速达0.18/h)
- 阶段2(12-24h):加入精氨酸前体(2 g/L glycine)激活C4途径
- 阶段3(24-36h):补加1 g/L succinate维持关键中间体浓度
该策略使产物合成速率从基础条件(0.023 g/L/h)提升至0.295 g/L/h,达工业菌株BL21的93%水平
2. **氧代谢耦合调控**:
在2.5 L超动态发酵器中,通过调节通气量(DO维持32-38%)和搅拌速度(1800 rpm),使溶解氧梯度差控制在5%以内。结合pH自动调控(6.8-7.2),成功将代谢副产物(Ac+La)总和从基础条件的2.4 g/L降至0.87 g/L。
**工程菌性能验证**
通过多维度比较实验,EcN工程菌株展现出显著优势:
1. **安全性认证**:作为首个通过FDA GRAS认证的益生菌生产平台,其基因编辑仅涉及质粒整合和内源基因过表达,未改变宿主核心代谢通路
2. **规模化效应**:在750 mL反应器中,通过模块化氧控制(DO>35%)和梯度补料(每6小时添加5-ALA前体),实现连续72小时稳定生产,批次间差异系数(CV)<8%
3. **代谢冗余设计**:构建了双备份的TCA循环调控网络(ppc+gltA与pyc+glutA),在单基因失效时仍能维持72%的基础产量
**工业化应用前景**
研究团队已建立完整的工艺包:
- **培养基配方**:MM9基础培养基+10 g/L果糖+2 g/L glycine+0.5 mM PLP+0.2 mM PA
- **发酵参数**:30-37℃恒温,pH自动调控(±0.2),溶氧控制模块(DO传感器+曝气阀联动)
- **后处理工艺**:通过膜分离技术(0.22 μm超滤膜)在2小时内实现产物与细胞的分离,纯度达98.5%
值得关注的是,EcN菌株在持续培养(CD)中表现出更好的适应性:
- 首次传代数达到500代,细胞浓度衰减率仅0.8%/代
- 通过CRISPRi精准敲除血红素合成途径,使5-ALA向血红素转化率从23%降至3.1%
- 抗氧化能力提升:SOD活性达1.85 U/mg蛋白,MDA含量<0.05 μmol/L
该研究不仅刷新了益生菌体系的5-ALA生产纪录,更开创了"临床级工程菌"的构建范式——通过引入EcN特有的糖脂代谢调控网络,在维持其原有益生菌特性的同时,实现了工业化级生物合成需求。未来研究将聚焦于:
1. 开发EcN特异性生物合成调控芯片
2. 构建基于肠道菌群互作的分布式生产系统
3. 开发光控代谢开关实现产物时空精准调控
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