从韩国安城一处池塘边的土壤中分离出的Cohnella sp. M.A.Huq-80的基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Genome sequence of Cohnella sp. M.A.Huq-80 isolated from pond-side soil located in Anseong, South Korea

韩国安城池塘土壤分离出的Cohnella sp. M.A.Huq-80菌株完成基因组测序，组装为45条contig，总长6,429,982bp，GC含量58.0%，预测5,518个基因（含5,416个CDS），与近缘种C. yongneupensis ANI值79.77%。

　　

摘要

本研究报道了从韩国安城一个池塘的土壤样本中分离出的细菌菌株Cohnella sp. M.A.Huq-80的基因组序列草图。该基因组由6,429,982个碱基对组成，组装成45个contigs，编码5,416个蛋白质编码基因。属Cohnella的成员在土壤生态学中起着重要作用，并能产生对生物技术和生物质降解有价值的耐热酶。

公告

Cohnella属最初由K?mpfer等人提出（1），属于Paenibacillaceae科，目前该科包含36个已正式命名的物种（2），这些物种来自不同的环境，包括池塘、根瘤、土壤、淡水和湿地（3）。在对该池塘土壤中的细菌多样性进行研究时，分离出了一种新的Cohnella属菌株，命名为Cohnella sp. M.A.Huq-80，本文介绍了其基因组草图的组装情况。Cohnella属在生态学中的作用以及其产生的工业相关耐热酶具有重要意义，同时也有助于微生物多样性研究，并在生物修复和植物-微生物相互作用方面具有潜在应用（1, 4–6）。

M.A.Huq-80菌株是从韩国安城一个池塘的土壤样本中分离出来的。将1克土壤样本悬浮在9毫升无菌0.85%（w/v）NaCl溶液中（7），然后连续稀释至10^?6浓度，将100微升稀释液涂布在TSA平板上。将平板置于28°C培养箱中培养3天。通过反复划线接种在新的TSA平板上来纯化单个菌落（8）。M.A.Huq-80菌株已存入中国普通微生物菌种保藏中心，保藏编号为CGMCC 1.60091。基因组DNA是根据制造商的方案，使用Solg Genomic DNA Prep kit（Solgent，韩国）从在TSB培养24小时的细菌中提取的。使用NanoDrop 2000分光光度计（Thermo Fisher Scientific，美国）评估提取的基因组DNA的质量和浓度。利用AMPure XP磁珠对DNA片段进行大小筛选，以分离出适合Illumina测序的标准长度范围（通常为200–300 bp）的片段。使用Illumina测序的标准试剂盒制备测序文库。测序工作采用Illumina HiSeq 3000平台进行，读取长度为2 × 150 bp，遵循制造商提供的标准协议。使用Illumina的bcl2fastq软件版本2.20.0对原始读段进行解多路复用并转换为FASTQ格式。使用Trimmomatic版本0.38（9）对读段进行处理。基因组序列使用SOAPdenovo v2.04组装工具（10）进行组装。基因组注释使用了NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline（PGAP）版本6.3（11–13）。通过Type (Strain) Genome Server中的全基因组分类分析对该菌株进行了鉴定（14）。为了估计M.A.Huq-80与最接近的模式菌株之间的亲缘关系，计算了基于BLAST的平均核苷酸同一性（ANI）（15）。与M.A.Huq-80基因组最匹配的模式菌株是Cohnella yongneupensis KACC 11768（登录号GCA_042655785），其ANI值为79.77%。

Cohnella sp. M.A.Huq-80的基因组长度为6,429,982 bp，GC含量为58.0%。组装结果包含45个contigs，覆盖度为53×。共预测出5,518个基因，其中5,416个为蛋白质编码基因。基因组特征的详细信息见表1。

表1

表1Cohnella sp. M.A.Huq-80的基因组特征

来源描述
地点	韩国安城
时间	2021年
类型	池塘边土壤
测序总结
覆盖度	53×
总碱基数	6,429,982
GC含量	58.0%
组装报告
contigs数量	45
Contig L50长度	5
Contig N50长度	340 kb
基因组长度	6.4 Mb
注释报告
基因总数	5,518
CDS总数	5,443
含蛋白质的CDS数量	5,416
ncRNAs数量	4
tRNA数量	56

致谢

本研究未获得任何外部资助。作者特别感谢CGM 10K项目对M.A.Huq-80菌株（GCM60027633）基因组序列草图的分析工作。

Md. Amdadul Huq：概念设计、初步分析、初稿撰写；Md. Ful Mia：初步分析、审稿与编辑；Md. Morshedul Alam：审稿与编辑。