从韩国一处温泉中分离出的三种嗜热脂肪地杆菌（Geobacillus stearothermophilus）的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequences of three Geobacillus stearothermophilus strains isolated from a Korean hot spring

本研究测序了韩国温泉分离的三株嗜热菌（EF60063、EF60133、EF60134），发现均携带S8家族丝氨酸肽酶和M4家族金属肽酶基因，其中EF60063含有三个质粒，为解析该属代谢多样性提供了新依据。

　　

摘要

我们提供了从韩国温泉中分离出的三种Geobacillus stearothermophilus菌株（EF60063、EF60133和EF60134）的完整基因组序列。所有菌株中均检测到了S8家族丝氨酸肽酶和M4家族金属肽酶。EF60063菌株携带三个质粒。这些发现有助于进一步了解Geobacillus属的特征。

公告

Geobacillus属菌株因其代谢多样性和酶活性而受到广泛关注，在各种工业和生物技术应用中具有重要价值，仍是研究的理想对象（1–3）。我们从韩国温泉中分离出多种嗜热菌株（4），评估了它们的酶活性，并鉴定出几种具有蛋白水解活性的Geobacillus菌株；其中三种菌株被选中进行全基因组测序（图1）。这些菌株EF60063、EF60133和EF60134是从韩国Mungang温泉（温度26.4–28.3°C，pH值8.9–9.1）的水样中分离得到的，采样时间为2017年1月18日（坐标36°53′15.4″ N 127°57′20.9″ E）。将1毫升水样品依次稀释在0.85%盐水中，然后涂布在海洋琼脂平板（BD Difco 2216）上。平板在60°C下培养1周后，将分离得到的菌株置于-80°C的5%（体积/体积）DMSO中冷冻保存。通过使用BioFACT S-Taq DNA聚合酶和通用引物27F及1492R扩增16S rRNA基因，并通过NCBI BLASTN v2.8.0+进行分类鉴定（表1）。

图1

图1 在55°C培养72小时后，Geobacillus stearothermophilus菌株EF60063、EF60133和EF60134在1%（重量/体积）脱脂牛奶琼脂（上）和1%（重量/体积）明胶琼脂（下）平板上的胞外蛋白酶活性。

表1

表1 本研究中对细菌菌株进行的质量评估总结

SAMN35768708CP128454CP128455CP128456CP128457SAMN35768736CP128458I: SRR35030277 SAMN35768739CP128459

菌株	近似物种	同一性（%）	BioSample访问号	SRA访问号（O/P: ONT/PacBio, I: Illumina）	原始读段总数	N50读段长度（bp）	GenBank访问号	contig数量	contig类型	基因组大小（bp）	GC含量（%）	覆盖度（×）	总基因数	蛋白质编码基因数
EF60063	Geobacillus stearothermophilus BGSC 9A20 (AY608928)	99.60	P: SRR35022333	212,884	6,075	4	染色体	3,435,864	52.5	251.0	3,677	3,353
pEF60063-1	65,200	40.5
I: SRR35022332	10,348,816	pEF60063-2	37,039	43.0
pEF60063-3	2,180	48.0
EF60133	Geobacillus stearothermophilus BGSC 9A20 (AY608928)	99.87	O: SRR35048013	1,091,881	4,622	1	染色体	3,654,319	52.0	732.0	3,714	3,426
14,697,890
EF60134	Geobacillus stearothermophilus BGSC 9A20 (AY608928)	99.93	P: SRR35022364	321,844	8,152	1	染色体	3,602,581	52.0	529.9	3,744	3,409