从韩国安城一个松树林土壤样本中分离出的Paenibacillus sp. M.A.Huq-81的基因组序列草图

《Microbiology Resource Announcements》：Draft genome sequence of Paenibacillus sp. M.A.Huq-81 isolated from the soil sample of a pine garden located in Anseong, South Korea

韩国安城松树林土壤样本分离的Paenibacillus sp. M.A.Huq-81菌株完成基因组测序，组装为22条contig，总长5,210,425bp，GC含量48%，预测4,797个蛋白编码基因。

　　

摘要

本研究报道了从韩国安城一个松树林土壤样本中分离出的细菌株Paenibacillus sp. M.A.Huq-81的基因组序列草图。该基因组由5,210,425个碱基对组成，这些碱基对被组装成22个contig，编码4,797个预测的蛋白质编码基因。

公告

Paenibacillus属最初由Ash等人（1）鉴定，属于Paenibacillaceae科。迄今为止，该属已包含323个有效发表的物种（2），这些物种来自多种环境，如土壤、根际、水、空气、食品、牛奶、人类血液和粪便（3–5）。在对该松树林土壤样本中的细菌多样性进行研究时，分离出了一个新的Paenibacillus属菌株，即Paenibacillus sp. M.A.Huq-81，本研究展示了其基因组序列草图。

菌株M.A.Huq-81是从韩国安城（37° 03′ 16″ N, 127° 30′ 59″ E）的一个松树林土壤样本中分离得到的。将1克土壤样本（采集日期：2021年2月10日）悬浮在9毫升无菌0.85%（重量/体积）NaCl溶液中，然后进行系列稀释至10^?6浓度，将100微升稀释液涂布在Tryptic Soy Agar（TSA）平板上（6）。随后将平板置于28°C的培养箱中培养3天。通过多次划线接种在新的TSA平板上纯化单菌落（7）。该菌株已在中国普通微生物菌种保藏中心（CGMCC）注册，保藏编号为CGMCC 1.60092。基因组DNA是根据制造商的协议，使用Solg Genomic DNA Prep试剂盒（Solgent，韩国）从在TSB培养24小时的细菌培养物中提取的。使用AMPure XP磁珠对DNA片段进行大小筛选，以获得适合Illumina测序库的片段（通常长度为200–300个碱基对）。使用Nextera XT DNA Library Prep Kit（Illumina，美国圣地亚哥）制备测序文库。测序使用Illumina HiSeq 3000平台进行，采用双端2 × 150 bp的读取方式，遵循制造商提供的标准协议。使用Illumina的bcl2fastq软件版本2.20.0对原始读取数据进行去多重处理并转换为FASTQ格式。后续分析使用了HiSeq平台的原始双端读取数据。使用Trimmomatic版本0.38（8）对读取数据进行处理。基因组序列使用SOAPdenovo v2.04组装器（9）组装。基因组注释使用了NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline（PGAP）版本6.3（10–12）。通过Type (Strain) Genome Server（https://tygs.dsmz.de）进行全基因组分类分析来确定菌株身份。使用基因组间距离（GGDH）生物信息学工具（13）in silico计算DNA-DNA杂交（isDDH）值。与菌株M.A.Huq-81基因组最匹配的是模式菌株Paenibacillus pinistramenti ASL46（登录号GCA_005869875.1），其in silico DNA-DNA杂交值为22.4%。

基因组测序产生的读取总数为3,163,908条。Paenibacillus sp. M.A.Huq-81的基因组长度为5,210,425个碱基对，GC含量为48.0%。组装结果包含22个contig，覆盖率为79倍。共预测出4,913个基因，其中4,797个为蛋白质编码基因。基因组特征的详细信息见表1。

表1

表1Paenibacillus sp. M.A.Huq-81的基因组特征

特征	结果
来源描述
位置	韩国安城
时间	2021年
类型	松树林土壤样本
测序总结
覆盖率	79倍
总碱基数	5,210,425
GC含量	48.0%
组装报告
contig数量	22
Contig L50	3
Contig N50	566.4 kb
基因组长度	5.2 Mb
注释报告
基因总数	4,913
CDS总数	4,822
含蛋白质的CDS数量	4,797
ncRNA数量	4
tRNA数量	80
质量分析
完整性	99.17%
污染率	0.3%

致谢

本研究未获得任何外部资助。

特别感谢中国科学院微生物研究所（WDCM）为菌株M.A.Huq-81的基因组测序提供的支持。

Md. Amdadul Huq：概念设计、初步分析、撰写；Jong-Whi Park：撰写、审稿和编辑；Md. Shahedur Rahman：撰写、审稿和编辑。