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新西兰白兔与玉峰黄兔骨骼肌中与脂质代谢相关的mRNA和miRNA的比较分析
《The FASEB Journal》:Comparative Analysis of mRNA and miRNA Related to Lipid Metabolism in Skeletal Muscle of New Zealand White Rabbit and Yufeng Yellow Rabbit
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年12月17日 来源:The FASEB Journal? 4.2
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家兔肌内脂肪沉积机制研究显示玉丰黄兔(YFYR)肌肉滴水损失显著低于新西兰白兔(NZWR)(p<0.05),pH45值更高(p<0.001),其LD肌IMF含量、C22:6n3、C16:0等脂肪酸含量均显著增加(p<0.05),而C15:0减少。通过RNA-Seq和miRNA-Seq发现1175个差异基因和138个差异miRNA,涉及脂质结合、代谢及PPAR信号通路。关键miRNA包括miR-973-y、oцу-miR-124-3p等,靶基因如GPX7、ACER2等与脂质沉积相关。相关分析显示IMF含量与PAFAH2、HSD11B2正相关,与PRKAG2负相关(p<0.05-0.01)。本研究证实YFYR具有更优肉质和营养价值,为家兔肌内脂肪调控机制提供了分子证据。
肉质是一个复杂的性状,受到遗传和环境因素的影响。肌内脂肪(IMF)是影响肉质的最重要因素之一。然而,关于兔子肌内脂肪沉积的研究却很少。在这项研究中,我们比较了新西兰白兔(NZWR)和玉峰黄兔(YFYR)的肉质和营养成分。结果表明,玉峰黄兔背最长肌(LD muscle)的滴水损失显著低于新西兰白兔(p?0.05),且其pH45显著高于新西兰白兔(p?0.001)。与新西兰白兔相比,玉峰黄兔背最长肌中的IMF、C22:6 n3、C16:0、C20:3 n3和n-3 PUFA的含量显著增加(p?0.05),而C15:0的含量显著降低(p?0.05)。我们对背最长肌组织进行了RNA-Seq和miRNA-Seq分析,以测量两种兔子的mRNA和miRNA表达情况。在两种兔子之间共鉴定出1175个差异表达基因(DEGs),其中新西兰白兔有340个mRNA上调,835个mRNA下调;同时鉴定出138个差异表达的miRNAs(DE-miRNAs),其中新西兰白兔有31个miRNA上调,107个miRNA下调。功能富集分析显示,这些差异基因和miRNAs的靶基因主要涉及脂质结合、长链脂肪酸结合、脂质代谢过程、脂肪酸代谢以及PPAR信号通路、甘油磷脂代谢等与脂质沉积相关的途径。miR-973-y、ocu-miR-124-3p、ocu-miR-2355-5p、miR-197-y和ocu-miR-301b-3p是调控肌内脂肪沉积的关键miRNAs,而GPX7、GPD2、BDH1、PCYT1B和ACER2是与脂质沉积和代谢相关的关键靶基因。此外,相关性分析表明,IMF含量与PAFAH2和HSD11B2基因呈正相关(p?0.05),与PRKAG2基因呈负相关(p?0.01)。综上所述,本研究表明玉峰黄兔的肉质和营养价值相对优于新西兰白兔;鉴定出的差异表达基因和靶miRNAs为进一步研究兔子肌内脂肪沉积的调控机制提供了有力证据。
作者声明没有利益冲突。
本研究生成和分析的数据集可于Sequence Read Archive(SRA)中获取,对应的BioProject编号为PRJNA1363093和PRJNA1363108。
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