本地和引入的基因谱系推动了埃及骆驼中MERS-CoV的重组

中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）在埃及屠宰场骆驼中检出率12.2%，农场4%；发现B/C分支重组事件，B分支新引入，重组后病毒可能增强跨物种传播风险。需加强跨境动物贸易监测及One Health防控策略。

　　
本研究聚焦中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）在埃及骆驼及同环境牲畜中的流行病学特征与基因组重组事件，揭示了北非地区MERS-CoV传播的新动态及潜在风险。研究团队通过2023年5月至2024年2月的系统性采样，覆盖埃及西北部马苏卢赫省农场及中部吉萨省屠宰场，对270头骆驼及伴生牲畜（包括牛、水牛、羊、 goats）进行病毒检测与血清学调查，并结合基因组测序与进化分析，揭示了三个关键发现。

**一、病毒传播的时空特征与宿主分布**
在吉萨省屠宰场采集的130头骆驼中，12.2%（20/164）的样本检出活病毒，其中成年雄性骆驼感染率最高（56.5%在11月，29.2%在12月）。值得注意的是，屠宰场环境呈现显著病毒聚集现象：夏季采样期间单次检测到71头骆驼，43.3%为阳性；而同期农场样本未发现活病毒。这种差异可能与屠宰场作为跨区域动物集散地有关，其容纳来自埃及本土及邻国的骆驼，形成病毒传播的温床。相比之下，马苏卢赫省农场通过严格的动物隔离政策，成功保持零活病毒感染率，同时血清学检测显示农场骆驼抗体阳性率仅12%，远低于屠宰场79%的水平。

**二、病毒基因组的跨区域重组与进化路径**
基因组分析揭示三个重组事件：其一，clade B病毒STM0244于2023年12月传入埃及，与本地clade C病毒发生重组，形成STM0184重组株。该重组涉及ORF1ab、S蛋白及核蛋白基因，其中ORF1ab区域重组发生在2023年10月至11月（置信区间90%）。其二，clade B内部重组涉及2023年沙特骆驼毒株，时间推算至2022年1月；其三，clade C内部重组发生在本地毒株间，但统计学证据较弱。值得注意的是，STM0184重组株同时整合了clade B和C特征，ORF1b与S蛋白来自clade B，而核蛋白基因保留clade C特征，这种"嵌合式"重组可能增强病毒对动物宿主的适应性。

**三、跨物种传播的潜在风险**
研究首次证实埃及屠宰场存在牛血清抗体阳性（4/24，17%），但未检测到牛、水牛、羊、 goats活病毒。这提示可能存在隐性感染或抗体交叉反应，但需更多研究验证。特别值得关注的是，重组株STM0184的ORF1ab基因来自沙特clade B毒株，该区域与病毒复制酶功能相关，可能影响病毒跨物种传播能力。研究指出，2023年沙特病例激增（4例死亡报告）与埃及重组毒株的出现存在时间关联，暗示国际动物贸易可能成为病毒跨境传播的载体。

**四、防控策略的启示**
基于研究发现，提出三重防控建议：首先，针对屠宰场等高风险场景，应建立动物流动追踪系统，实施分区隔离与动态消毒。其次，加强clade B和C毒株的基因组监测，特别是ORF1ab和S蛋白区域，这些区域曾驱动重组事件并影响受体结合特性。第三，完善One Health响应机制，将动物市场监管纳入公共卫生体系，例如对进口骆驼实施14天检疫期，期间禁止进入活畜交易区。

**五、研究局限与未来方向**
当前研究存在两个关键局限：其一，样本覆盖时间跨度不足全年，可能遗漏季节性传播特征；其二，重组事件 breakpoints置信区间较宽（平均±18%），需更大样本量验证。后续研究建议：1）建立区域性MERS-CoV基因组数据库，实时追踪重组株变异；2）开展跨物种传播实验，评估重组株在非骆驼宿主中的复制能力；3）将活畜交易数据与病毒检出率关联分析，量化市场环境对病毒重组的催化作用。

本研究为全球MERS防控提供重要参考，特别警示北非地区作为跨区域贸易枢纽的潜在风险。通过整合动物流动数据与病毒进化树分析，可为制定差异化防控策略提供科学依据，例如在骆驼交易高峰期启动病毒监测强化期，或针对特定重组区域开发新型疫苗候选株。这些发现凸显了在全球化背景下，动物源性传染病防控需要建立跨国界、跨物种的实时监测网络，并将病毒重组动力学纳入风险评估模型。