一种高级的粗粒化模型，用于快速模拟核糖体内新生多肽链的动力学过程

《Biophysical Journal》：Advanced coarse-grained model for fast simulation of nascent polypeptide chain dynamics within the ribosome

解析了核糖体新合成多肽退出通道（NPET）的三维结构及其动态特性，提出了一种自动化高分辨率几何提取和粗粒度（CG）建模流程，显著提升了分子模拟效率。

　　

摘要

新生多肽出口通道（NPET）是核糖体中的一个亚结构，它在蛋白质翻译过程中限制着新生多肽链的运动。由于核糖体的空间尺度和延伸过程的时间尺度限制，对这些动态特性的模拟一直较为困难。在这里，我们提出了一种自动化流程，可以从任何核糖体结构中高精度地提取NPET和核糖体表面的几何信息。随后，我们将这些数据转化为粗粒化（CG）珠模型，以便用于分子模拟。与之前的表示方法相比，这种CG模型能够更准确地捕捉NPET的几何形态，并允许模拟那些在全原子模型下计算成本过高的共翻译和翻译后过程。特别是，我们展示了如何利用CG模型来模拟新生多肽的延伸动态及其翻译后的释放过程，同时评估自由能景观，并研究静电作用对新生多肽释放的影响。