基于转录组测序分析，对骨不连中与自噬相关的mRNAs和lncRNAs进行筛选和验证

《Human Cell》：Screening and validation of autophagy-related mRNAs and lncRNAs in bone nonunion based on transcriptome sequencing analysis

骨不连与骨愈合组织RNA测序发现1108个差异mRNA和46个差异lncRNA，构建自噬相关基因PPI网络及lncRNA-mRNA互作网络，鉴定BNIP3、DDIT3等5个核心自噬相关mRNA。qRT-PCR验证BNIP3、SIRT2等4基因表达异常，shBNIP3转染抑制BMSC迁移和分化。摘要结束。

　　

摘要

本研究旨在通过转录组测序筛选与骨不连相关的差异表达mRNA（DEmRNAs）和长链非编码RNA（DELncRNAs），并探讨其在细胞水平上的分子机制。研究中收集了5对骨不连和骨愈合组织样本进行RNA测序，以获取DEmRNAs和DELncRNAs。构建了与自噬相关的差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，并进一步构建了lncRNAs-mRNAs相互作用网络。使用qRT-PCR验证了关键的自噬相关基因。将shBNIP3转染到Wistar大鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）中，在骨诱导14天后，通过Transwell实验、茜素红染色和ALP染色检测细胞迁移和成骨细胞分化情况。共鉴定出1108个DEmRNAs和46个DELncRNAs，进一步筛选后得到15个与自噬相关的DEmRNAs。GO和KEGG分析表明，这些与自噬相关的DEmRNAs主要参与自噬相关通路。此外，lncRNAs网络包含356对相互作用关系，其中鉴定出5个核心自噬相关mRNA（BNIP3、DDIT3、SIRT2、PINK1和BAG3）。qRT-PCR结果显示，在骨不连患者中，BNIP3、SIRT2、PINK1和BAG3的表达上调，而DDIT3的表达下调。体外实验中，sh2BNIP3抑制了BMSCs的细胞迁移和成骨分化能力。研究表明，这些核心自噬相关DEmRNAs在骨不连中可能起重要作用，尤其是BNIP3，这有助于我们进一步理解骨不连的发病机制。