黑岩鱼（Sebastes schlegelii）早期发育过程中的动态转录组分析

《Fish Physiology and Biochemistry》：Dynamic transcriptome analysis during early development of black rockfish (Sebastes schlegelii)

黑岩鱼转录组测序揭示发育阶段特异性基因表达与代谢通路变化，发现能量代谢、蛋白质合成及细胞周期关键基因，为提高养殖存活率提供分子依据。

　　

摘要

黑岩鱼（Sebastes schlegelii）是水产养殖中的重要物种，但由于栖息地退化和过度捕捞，其种群数量显著下降。尽管这种鱼生长迅速，具有很高的养殖价值，但幼体培育仍然面临挑战，因为高密度养殖环境常导致骨骼畸形和生长缓慢。为了阐明支持其快速生长和发育转变的分子机制，我们分析了三个发育阶段的转录组变化（每个阶段3个样本）：幼体期（孵化后5天）、后幼体期（21天）和幼鱼期（45天）。RNA-Seq技术产生了56.77 Gb的干净数据，共获得21,837个注释过的unigenes。差异表达分析（|log₂FC|≥?1.2，FDR?haao、sec61a1和vcp参与了能量代谢、蛋白质合成和细胞周期调控，这些过程有助于支持黑岩鱼的快速生长和组织分化。本研究为探索S. schlegelii的早期发育提供了基础的转录组数据。所识别的基因和通路可能有助于进一步研究其生长机制，并为提高幼体存活率和养殖性能提供分子依据。