综述：信息最优性与染色质的几何结构

《Biophysical Reviews》：Information optimality and the geometry of chromatin

最优性原则与信息理论在染色质结构分析中的应用，揭示DNA-蛋白质复合物的几何特征与遗传密码自相似结构的关系，发现分形维度e的关联性，同时存在非最优低维结构。

　　

摘要

我们探讨了如何利用广义信息原理来研究DNA-蛋白质复合体（即染色质）的大尺度几何结构。从系统层面来看，最优性要求不仅自然过程的所有子部分都必须达到最优状态，而且包含符号抽象的更高层次结构在展开过程中也应保持最优性。遗传密码数据的信息论几何特性，结合最大熵原理，能够解释编码子（密码子）与不同氨基酸之间的对应关系及其背后的自相似结构。这一分析方法被用于探究物理和生物空间的基本几何特征，这些空间的维度为e（这一特性体现在与基因组DNA相关的聚合体中）。该分析结果与染色质的分形维数一致，但同时也存在其他维度较低的非最优结构。