一份高质量的人类口腔微生物组基因组目录扩展了其系统发育关系及临床研究价值

HROM整合3,426物种的72,641高质量基因组，含2,019新物种及1,137个CPR类群新发现，揭示Patescibacteria为口腔优势菌属，并发现42种口外肠道菌与系统性疾病相关。摘要后换行符：

　　

亮点

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HROM 涵盖了来自 3,426 个物种的 72,641 个基因组，其中包括 2,019 个此前未被识别的物种。

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与现有目录相比，HROM 在物种级分析方面有了显著提升。

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口腔微生物组中含有许多与牙周炎相关的细菌物种。

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HROM 发现了 42 种在肠道中异位存在的口腔细菌物种，这些物种与系统性疾病有关。

摘要

口腔微生物组与人类健康的关系日益密切。为了进一步研究这一微生物群落，我们提出了人类参考口腔微生物组（HROM），其中包含来自 3,426 个物种的 72,641 个高质量基因组，其中包括 2,019 个此前未被识别的物种，从而提高了宏基因组序列分类的准确性。值得注意的是，HROM 发现了 1,137 个此前未被描述的候选门（CPR）物种，确认了 Patescibacteria 是口腔微生物群中最常见的门，并且与环境中的 Patescibacteria 不同。此外，一个口腔 CPR 亚群与牙周炎有关，这与 Porphyromonas gingivalis 在疾病预测中的作用相辅相成。最后，将 HROM 与肠道微生物组的参考基因组进行比较，揭示了这些微生物组在分类学和功能上的差异。HROM 中包含 42 种在肠道中异位存在的口腔细菌物种，它们在肠道微生物群中的相对丰度可以预测肠道、心血管和肝脏疾病。因此，HROM 为口腔微生物组提供了更全面的视图，并强调了进一步研究口腔微生物与系统性疾病之间联系的临床重要性。

图形摘要