用于RNA差异扫描荧光测定的荧光染料

差示扫描荧光法（DSF）测定RNA热稳定性时，七种核酸染料（包括RiboGreen和OliGreen）的适用性差异显著。实验发现RiboGreen和OliGreen的熔解温度与浓度无关，而其他染料如SYBR系列、乙idium溴化物会随浓度增加导致熔解温度升高，影响结果准确性。研究推荐RiboGreen和OliGreen为最佳选择，并建立DSF条件优化框架。

　　

摘要

差示扫描荧光法（DSF）用于测定RNA的热稳定性，这一技术最近才从蛋白质研究领域扩展到RNA研究，并采用了核酸染料RiboGreen。本文研究了七种市售核酸染料在DSF中的适用性，这些染料包括吖啶橙、溴化乙锭、RiboGreen、OliGreen、SYBR Green II、SYBR Gold和TOTO-1碘化物。我们使用双链RNA模型以及27个核苷酸长的新霉素感应核糖开关适配体进行了实验。浓度依赖性的DSF曲线显示，这些染料对初始荧光强度和表观熔解温度有显著的影响。RiboGreen和OliGreen的熔解温度在实验误差范围内与浓度无关；而SYBR系列染料、吖啶橙和溴化乙锭则随着染料浓度的增加逐渐稳定RNA，使熔解温度上升最多9°C。总体而言，RiboGreen和OliGreen是适用于DSF的理想探针，它们既能减少染料引起的干扰，又能保持良好的信噪比，并为针对特定RNA靶标和配体结合筛选实验提供了优化条件。其他表现出浓度依赖性熔解温度的染料也同样适用，但在RNA研究中使用时需格外注意。

图形摘要

我们选取了几种核酸染料，通过差示扫描荧光法测试它们测定RNA熔解温度的效果。我们使用了两种模型系统来观察染料对RNA熔解温度和荧光强度的影响，并根据每种染料的DSF响应强度对其进行评估。此外，我们还测试了这些染料检测新霉素感应核糖开关上配体结合的能力。

利益冲突

作者声明不存在利益冲突。