从孟加拉国北部分离出的一种强毒型鸭肠炎病毒的完整基因组序列

《Microbiology Resource Announcements》：Complete genome sequence of a virulent duck enteritis virus isolated from Northern part of Bangladesh

鸭瘟病毒YLBRDP_11株基因组测序完成，该毒株分离自孟加拉国Netrokona地区鸭肝组织。基因组长度161,633bp，含74个基因，GC含量44.9%。采用Illumina NextSeq 2000测序，经BBDuk和BBNorm处理后，通过Geneious Prime组装并与参考基因组高度相似（99.67%）。

　　

摘要

本研究报道了从孟加拉国北部Netrokona地区鸭子肝脏组织中分离出的鸭肠炎病毒YLBRDP_11株的完整基因组测序结果。该病毒基因组由161,633个碱基对（bp）组成，编码74个蛋白质，GC含量为44.9%。

公告

鸭病毒性肠炎（DVE），通常称为鸭瘟，是一种严重且高度传染性的水禽疾病，包括鸭子、鹅和天鹅（1）。DVE属于Orthohervisviridae科、Alphaherpesvirinae亚科、Mardivirus属、Mardivirus anatidalpha1种，也称为Anatid herpesvirus 1（2）。这是一种具有线性双链DNA（dsDNA）基因组的包膜病毒，基因组长度为158,091–162,175 bp（3–5）。

鸭瘟在全球范围内都有记录，包括孟加拉国，由于其高发病率和死亡率，对经济造成了重大影响（6）。2023年，在孟加拉国Netrokona地区（北纬24°47″至24°58″，东经90°38″至90°50″）发生的一次自然疫情中，我们收集了死亡鸭子的肝脏样本，并将其保存在-80°C条件下以备进一步处理。将肝脏样本匀浆后，制备成10%的磷酸盐缓冲盐水悬浮液，并以4,000 rpm的速度离心10分钟（1）。上清液经过庆大霉素处理以检测无菌性。无菌样本用于DNA提取，使用的是QIAamp DNA Mini Kit（7）（德国QIAGEN公司），按照制造商的说明进行操作，并通过PCR检测DNA聚合酶基因（446 bp）（8）进行验证。阳性样本在11天大的鸭胚蛋（EDEs）中通过绒毛尿囊膜（CAM）途径传代至第10代（9），随后在成年鸭子中进行致病性测试以评估病毒的毒力（8）。

使用上述试剂盒从阳性样本的CAM中提取基因组DNA。通过NanoDrop One（Thermo Scientific，加拿大）（10）评估DNA浓度和质量。使用NEBNext Ultra II DNA library prep kit（NEB，美国）构建DNA文库，并在NextSeq 2000系统上进行测序，生成2 × 150 bp的双端读段，数据在孟加拉国儿童健康研究基金会的基因组实验室进行处理（11）。测序产生了45,447,254个读段，平均质量得分为Q33，表明碱基调用准确率为99.95%，通过BUSCO v5.12进行评估（12）。

基因组组装和注释使用Geneious Prime（v2025.1.3）完成。原始FASTQ读段文件作为配对读段集导入。通过Geneious Prime的BBDuk（BBDuk Adapter/Quality Trimming v38.84）插件对读段进行质量修剪和过滤，去除了两端的接头和低质量（30 nt）读段，同时丢弃了短读段（<30 nt）（13, 14）。数据修剪后，使用BBNorm v38.84进行错误校正和标准化（15）。通过将标准化读段映射到Anatid alphaherpesvirus 1的CHv株参考基因组（GenBank组装号GCA_027935785.1）进行基因组组装。使用Geneious算法（中低灵敏度/快速设置）进行映射，结果保存为共识序列作为最终基因组。

在生成的45,447,254个读段中，有37,155,624个用于比对。使用Geneious Prime（v2025.1.3），421,887个标准化读段与参考基因组（GCA_027935785.1）进行了比对，生成了一个161,633 bp的共识序列，覆盖了基因组的99.67%（162,175 bp中的161,633 bp）（图1）。YLBRDP_11的完整基因组长度为161,633 bp，编码74个基因，GC含量为44.9%。BLASTn分析显示与其他NCBI数据库中的DEV分离株具有高达99.99%的核苷酸相似性（16）。

图1

图1 基因组图谱，标有开放阅读框和基因，包括LORF5、UL49.5、UL36、UL11、UL1和IRS，沿核苷酸位置从0到161,633双向排列。

致谢

畜牧业和乳品发展项目（LDDP），项目代码RP-C-03-98，隶属于渔业和畜牧业部（MOFL）的畜牧业服务局（DLS），以及世界银行（WB）为这项研究提供了财政支持。我们还要感谢孟加拉国农业大学研究系统（BAURES）和孟加拉国Mymensingh的孟加拉国农业大学微生物学与卫生系。