乌谢尔综合征1F型患者中PCDH15非编码区域的复合杂合变异：微基因检测揭示了c.3123-1G>C突变的致病性

《Ophthalmic Genetics》：Compound heterozygous variants in PCDH15 non-coding regions in an Usher Syndrome Type 1F patient: minigene assay reveals pathogenicity of c.3123-1G>C

非编码区变异致病机制研究：通过全外显子测序发现PCDH15基因两个复合杂合非编码变异，体外小基因验证显示c.3123-1G>C导致外显子24skipping和提前终止密码子，影响钙结合蛋白的三级结构及亚细胞定位，证实其致病性，提出小基因技术适用于长基因非编码区变异分析。

　　

摘要

目的

非编码区域非常长，目前关于这些区域变异与疾病之间关联的研究相对较少。本研究分析了一名患有Usher综合征1F型（USH1F）的患者，并在PCDH15基因中发现了两个复合杂合的非编码变异。

方法

该患者接受了眼科检查，并进行了全外显子组测序（WES）。研究人员构建并验证了PCDH15基因的迷你基因。利用生物信息学技术评估了这些变异对编码蛋白的影响。

结果

一名36岁的男性患者自幼出现听力丧失和失语症状，同时还患有夜盲症以及儿童期视野逐渐变窄的情况。研究发现了两个复合杂合变异：c.-183_-29+1del和c.3123-1G>C（NM_033056.4）。体外迷你基因实验表明，c.3123-1G>C变异会导致mRNA剪接过程中第24外显子的丢失。这一变异改变了后续翻译过程的读码框，使得提前出现了一个终止密码子，从而导致蛋白质在细胞外钙结合结构域处停止合成。预测该蛋白质的三级结构及亚细胞定位也会发生改变。

结论

通过对USH患者的家族进行临床遗传学筛查，我们在PCDH15基因中发现了两个变异。迷你基因检测方法可用于分析像PCDH15这样的长基因中的变异的致病性。我们的数据表明，c.3123-1G>C变异是导致Usher综合征1F型（USH1F）的致病性突变。