解析乳腺癌细胞中mRNAs的m6A表转录组特征

《Molecular and Cellular Biology》：Deciphering the m6A Epitranscriptomic Landscape of mRNAs in Breast Cancer Cells

m6A甲基化调控在乳腺癌细胞系异质性中的作用及纳米孔测序技术应用

　　

摘要

N6-甲基腺苷（m6A）是mRNA中最常见的修饰类型，它影响mRNA的稳定性、剪接过程以及翻译。m6A模式的失调与多种疾病（包括癌症）有关，这突显了其在细胞稳态中的重要性。然而，准确检测和精确量化单个转录本中的m6A位点仍然具有挑战性。在本研究中，我们利用纳米孔测序技术获得了人类乳腺癌细胞中m6A甲基组的转录组范围、碱基分辨率级别的图谱。通过分析不同乳腺癌细胞系中的m6A分布，并采用CRISPR/Cas9技术敲除主要的m6A去除酶ALKBH5，我们揭示了m6A转录组位点的差异性甲基化程度及其特定模式特征。我们在五种源自不同分子亚型的乳腺癌细胞系中阐明了m6A的表观转录组特征，并证实了ALKBH5的活性依赖于DRACH蛋白。与非癌性MCF-10A细胞系进行比较甲基化分析后发现，MCF-7和BT-474乳腺癌细胞主要表现为低甲基化，而BT-20、MDA-MB-231和SK-BR-3细胞则表现出广泛的高甲基化现象。这些基于细胞系的甲基化模式表明m6A可能在乳腺癌的异质性中发挥调控作用。总体而言，我们的发现加深了对乳腺癌中m6A动态变化的理解。