冠状动脉疾病风险变异调控血管平滑肌细胞基因表达的精细定位研究

来自Barbera等的研究人员为解析冠心病(CAD)风险变异的功能机制，通过lentiMPRA在血管平滑肌细胞(SMCs)中系统筛选25,892个变异，鉴定出122个具有增强子活性和等位基因失衡的功能性变异，并利用CRISPRi验证了9个变异-基因调控对，为CAD的精准遗传机制提供了重要见解。

　　

全基因组关联研究(GWAS)已鉴定出300多个与冠状动脉疾病(CAD)风险相关的基因组位点，但由于连锁不平衡的存在，功能性变异的鉴定仍面临挑战。本研究对原代血管平滑肌细胞(SMCs)中的CAD相关变异进行了系统性功能解析。研究人员利用慢病毒大规模平行报告基因检测(lentiMPRA)技术，在静止态和增殖态SMCs中对25,892个CAD相关变异进行等位基因特异性增强子活性检测，发现122个具有增强子活性和等位基因失衡的候选变异，其中23个呈现条件特异性偏好，41个呈现性别偏好效应。通过整合lentiMPRA数据、CUT&RUN表观基因组分析和表达数量性状位点(eQTL)数据，最终锁定49个功能相关变异。针对8个变异开展的CRISPR干扰(CRISPRi)实验证实了其对9个变异-基因对的调控作用：rs35976034 (MAP1S)、rs4888409 (CFDP1)、rs73193808 (MAP3K7CL)、rs67631072 (INPP5B/FHL3)、rs1651285 (SNHG18)、rs17293632 (SMAD3)、rs2238792 (ARVCF)和rs4627080 (NRIP3)。该研究实现了通过血管SMCs机制影响CAD风险的因果变异精细定位。