葡萄粉蚧源表皮葡萄球菌VBM19全基因组解析及其生物防治潜力研究

本研究由美国农业部农业研究局支持，报道了从 vineyard 重要害虫葡萄粉蚧(Planococcus ficus)中分离的表皮葡萄球菌(Staphylococcus shinii) VBM19菌株的全基因组序列。通过Illumina和Nanopore双平台测序及混合组装，获得包含染色体和4个质粒的高质量基因组（完整性99.45%），揭示了其与已知昆虫病原菌的高度同源性，为开发新型生物防治剂提供了遗传基础。

　　

本研究公布了从葡萄粉蚧(Planococcus ficus)分离的表皮葡萄球菌(Staphylococcus shinii) VBM19菌株的完整基因组序列。该菌种最初从环境样本中鉴定，部分菌株具有昆虫病原性。通过表面消毒和16S rRNA基因测序（引物27F/1492R）鉴定优势菌群后，选择VBM19进行全基因组测序。

采用Illumina Novaseq6000平台产生63,490,686条读长（150 bp双端），经Trim Galore质控；另通过Nanopore MinION（R9.4.1流动槽）获得413,111条读长，经Guppy基叫唤、Porechop修剪和Filtlong过滤（--min_mean_q 10, --min_length 1000）。使用Unicycler v0.5.1混合组装并环化，获得5个contig（>100×覆盖度），其中4个经PlasmidFinder鉴定为质粒。染色体（2.97 Mb, GC 31%）与S. shinii参考基因组（GCA_017583065.1）具99%平均核苷酸一致性（FastANI验证）。质粒大小范围为2.2-4.6 kb，与葡萄球菌属多种质粒高度相似（BLAST验证）。

NCBIPGAP注释显示染色体含2,823个基因（2,746 CDS, 77 RNA），质粒共13个基因。CheckM评估显示基因组完整性99.45%，污染率2.49%。该基因组为解析其昆虫病原机制及开发针对葡萄粉蚧的生物防治策略提供了关键遗传资源。测序工作由加州大学戴维斯分校DNA技术中心完成，研究受美国农业部农业研究局项目（#2034-22000-014-000-D）资助。