巴西散装牛奶样本中细菌多样性的评估

《Brazilian Journal of Microbiology》：Assessment of bacterial diversity in bovine bulk tank milk samples from Brazil

细菌多样性及SCC相关性分析——基于巴西57份牛乳罐样本的16S rRNA测序研究，揭示不同州际α多样性差异显著（p<0.05），β多样性呈现高度异质性（p<0.001），主要优势菌群为Moraxellaceae（22.3%）、Streptococcaceae（14.1%）及Acinetobacter（22.3%）。研究未发现SCC高低组间α多样性差异，但β多样性存在显著关联。

　　

摘要

本研究旨在通过16S rRNA基因测序分析并比较来自巴西五个地区的散装罐装牛奶（BTM）样本中的细菌多样性，并将这些多样性与体细胞计数（SCC）值进行关联。共有57个样本来自圣卡塔琳娜州、圣保罗州、米纳斯吉拉斯州、戈亚斯州、马拉尼昂州、帕拉州和托坎廷斯州，这些样本均采用下一代测序（NGS）技术进行了测序。分析结果显示存在一个界、四个门、六个纲、14个目、28个科和43个属。其中，Moraxellaceae科（22.3%）、Streptococcaceae科（14.1%）、Acetobacteraceae科（13.8%）和Pseudomonadaceae科（11.0%）是主要的细菌科，而Acinetobacter（22.3%）、Pseudomonas（11.7%）和Acetobacter（8.1%）是主要的细菌属。Fisher指数、Chao1指数和ACE指数表明，马拉尼昂州和帕拉州的α多样性显著高于戈亚斯州（戈亚斯州被设定为各地区α多样性比较的基准）（p?p?p?>?0.05），但β多样性确实表现出显著变化（p?