基于RNA-Seq分析的伊朗樱桃病毒A（Capillovirus alphavii）分离株的全基因组特征研究

《Applied Fruit Science》：Complete Genome Characterization of an Iranian Isolate of Cherry Virus A (Capillovirus alphavii) Based on RNA-Seq Analysis

CVA-Ir基因组测序揭示7434核苷酸单链RNA病毒基因组，含ORF1（甲基转移酶、解旋酶等）和ORF2（运动蛋白），系统发育分析显示与加拿大株同属一个亚分支且99%核苷酸一致性，RT-PCR验证病毒特异性引物有效性。

　　

摘要

樱桃病毒A（CVA；属于Capillovirus alphavii）是Betaflexiviridae科Capillovirus属的成员，是一种对经济具有重要影响的植物病毒，可感染包括甜樱桃（Prunus avium）在内的Prunus属植物。本研究首次对来自伊朗西阿塞拜疆省樱桃园的CVA分离株（CVA-Ir）进行了全面的基因组分析。通过高通量RNA测序（RNA-Seq）技术，成功测序出了CVA-Ir的完整基因组，发现其基因组为7434个核苷酸长的正链单链RNA，包含两个开放阅读框（ORF）。ORF1编码一种具有保守结构域的多聚蛋白，这些结构域包括甲基转移酶、解旋酶、RNA依赖性RNA聚合酶和衣壳蛋白；而ORF2编码一种运动蛋白。系统发育分析表明，CVA-Ir与从加拿大樱桃中分离出的病毒株属于同一亚群，形成了Capillovirus属内的一个独立分支，并揭示了CVA病毒株在不同宿主间的遗传多样性。该伊朗分离株与加拿大分离株的核苷酸同源性高达99%，这提示可能存在共同的进化途径和传播路径。根据CVA-Ir基因组设计的特异性引物通过逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）成功验证了RNA-Seq的结果。本研究强调了RNA-Seq在植物病毒学中的实用性，有助于识别和表征病毒病原体，并为CVA的遗传多样性和系统发育关系提供了关键见解。