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长新冠（long COVID）带来诸多难题，为探究草药治疗长新冠的效果，研究人员开展外周血细胞单细胞 RNA 测序（scRNA - seq）研究。结果获得 181,205 个高质量单细胞数据。这为深入了解草药治疗长新冠机制提供关键依据。
新冠疫情给全球带来巨大冲击，即便疫苗广泛接种，新冠新发病例依旧不少，而且长新冠的出现更是让人们头疼不已。长新冠患者会有持续的呼吸和认知功能障碍，症状多样，涉及多个器官，像呼吸困难、肺炎症、脑雾、认知受损等，这让有效治疗策略的制定变得极为困难。虽然有研究表明草药可能对治疗新冠和长新冠有效果，能改善症状、缩短住院时间，但草药治疗的具体机制却不清楚。
为了搞清楚草药治疗长新冠的原理，韩国的研究人员展开了一项重要研究。他们从参与草药治疗长新冠临床试验的 18 名参与者（包括疲劳或脑雾症状患者以及健康对照）身上采集外周血样本，对这些样本进行单细胞 RNA 测序（scRNA - seq）分析，相关研究成果发表在《Scientific Data》上。
研究人员用到的主要关键技术方法有：样本采集方面，招募 45 名长新冠患者，根据症状分配到不同草药治疗组，采集治疗前后的外周血样本，同时招募 2 名健康个体作为对照。样本处理和测序上，通过红细胞裂解获取外周全血细胞，进行细胞活力评估后，用 BD Rhapsody 系统标记样本并进行多重测序分析，测序平台为 Illumina HiSeq X Ten。数据分析时，利用 R Seurat 包进行质量控制、细胞聚类和注释等操作 。
下面来看看具体的研究结果：
- 数据记录：最终数据集包含 181,205 个高质量单细胞，涵盖患者治疗前后及健康对照样本。原始测序数据（fastq 文件）和处理后的计数矩阵可在 NCBI GEO 数据库（登录号 GSE265753）获取，样本级 RSEC 计数矩阵和细胞元数据可在 Github 和 figshare 获取。
- 技术验证：
- 实验室和测序质量：新鲜样本处理保证了细胞活力，平均细胞活力达 81.7%。测序分析中，初始输入读段数量多，质量过滤后大部分读段质量良好，比对到转录组的比例高，每个样本平均识别出约 7,000 个假定细胞，测序深度和细胞捕获能力充足。
- 最终数据集质量：通过线粒体基因计数百分比、总计数和特征数量等指标进行质量控制，排除低质量细胞后得到高质量数据集。数据具有良好的重复性和聚类效果，无明显批次效应。
- 细胞群体特征：鉴定出 12 种主要细胞类型和 27 种亚型，包括 T 细胞、NK 细胞、单核细胞等多种免疫细胞。T 细胞中存在多种亚型，还发现了中性粒细胞、树突状细胞（DCs）和 B 细胞的不同亚型，这些细胞在长新冠免疫反应中都起着重要作用。
研究结论表明，该研究提供了全面可靠的长新冠患者单细胞 RNA 测序数据集。这对于深入了解草药治疗长新冠的机制意义重大，有助于挖掘草药在调节免疫细胞方面的作用，为后续开发更有效的长新冠治疗方案提供了关键的数据支持和理论依据，推动了长新冠治疗领域的研究进展。
