PEPPI-MS 技术：深度蛋白质组学分析的创新样本前处理方案

在蛋白质组学研究中，自上而下（Top-down）和中自上而下（Middle-down）分析需高效检测痕量蛋白质亚型，研究人员开发了 PEPPI-MS 技术。该技术能快速从 SDS-PAGE 胶中提取完整蛋白质，效率高且成本低，有助于实现多维蛋白质组分离分析。

　　蛋白质组学中，对完整蛋白质的自上而下（Top-down）分析以及对经过有限消化的蛋白质进行中自上而下（Middle-down）分析，都需要高效检测样本中的痕量蛋白质亚型（proteoforms）。这就要求通过对样本中的蛋白质组成分进行全面的预分离，来降低样本的复杂性。十二烷基硫酸钠 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）是一种简单且成本低廉的高分辨率蛋白质分离技术，在生化和分子生物学实验中应用广泛。虽然其在自下而上（Bottom-up）蛋白质组学样本制备方面的有效性已得到证实，但长期以来，如何从凝胶基质中高效回收完整蛋白质，一直是将其应用于自上而下和中自上而下蛋白质组学的一大难题。如今，作为这一难题备受期待的解决方案，出现了一种利用从聚丙烯酰胺凝胶中被动洗脱完整蛋白质用于质谱分析（PEPPI-MS，passively eluting proteins from polyacrylamide gels as intact species for mass spectrometry）的实验方案，可从复杂生物样本中高效分离蛋白质亚型。这是一种从 SDS-PAGE 分离的蛋白质中快速提取完整蛋白质的方法。PEPPI-MS 能够在 10 分钟内，以 68% 的中位效率回收 SDS-PAGE 分离的 100kDa 以下的蛋白质溶液。与传统的电洗脱方法不同，它无需特殊设备，成本显著降低。从电泳到蛋白质纯化的整个实验流程可在 5 小时内完成。将得到的 PEPPI 组分与其他蛋白质分离技术，如反相液相色谱和离子淌度技术相结合，就能轻松实现用于深入蛋白质亚型分析的多维蛋白质组分离。