美国NIAID停止资助 真核病原体、媒介和宿主信息数据库(VEuPathDB) 9月15日关闭

　　

由美国国家过敏和传染病研究所(NIAID)在过去20年里支持的一个广泛使用的寄生虫学和媒介生物学数据库将于本周末关闭，数千名研究人员将被切断。真核病原体、媒介和宿主信息资源(VEuPathDB)包含了关于寄生虫和真菌的丰富详细分子信息，这些寄生虫和真菌导致了一些世界上最具破坏性和被忽视的传染病，包括疟疾、利什曼病、昏睡病和恰加斯病。到2023年，它平均每月有4.6万名独立用户，来自150多个国家的研究人员的页面点击量超过1100万次。

NIAID过往向VEuPathDB投资1亿美元，并多次续签该项目的合同。但是，当NIAID为传染病生物信息学中心推出新的竞争性奖项，选择资助另外两个平台而忽略了VEuPathDB的首席研究员、宾夕法尼亚大学传染病计算生物学家David Roos及其同事的提议。NIAID表示这两个平台可以满足同样的需求，在一份电子邮件声明中说:“我们完全有信心，所有病原体和媒介社区将继续获得生物信息学资源。”

运营其中一个新平台的生物信息学资源分析中心(BRC-Analytics)表示，经过一个月的过渡期，它将从VEuPathDB中吸收所有数据，并重新创建其部分分析能力。但寄生虫学家和病媒生物学家并没有就此罢休，他们说，新平台的目标是生物信息学家，而不是最终用户生物学家，他们将失去进行虚拟实验的关键能力，比如根据它们在寄生虫中表达的时间和地点找到候选疫苗抗原。

哥伦比亚大学分子寄生虫学家、美国热带医学与卫生学会当选主席David Fidock说:“从9月15日起，成千上万从事热带传染病研究的研究人员将无法获得这一重要资源。”5月，他写信给NIAID主任Jeanne Marrazzo，恳求她不要撤资该数据库。

加州大学圣地亚哥分校的遗传学家和寄生虫学家Elizabeth Winzeler说:“对研究社区的损失将是惊人的。”上个月，美国国家科学院(NAS)和美国国家医学院(NAM)的43名成员写信给美国国立卫生研究院(NIH)院长Monica Bertagnolli，要求她将该数据库保留至少一年，直到有一个经过验证的替代方案出现。他们还要求她调查导致NIAID决定更换供应商的审查过程。

通过不断整合全球科学家贡献的大型数据集，VEuPathDB为寄生虫学家、真菌学家和病媒生物学家提供了一个用户友好的资源。快速搜索可以揭示已知的特定基因的功能，它在寄生虫的生命周期中何时开启和关闭，以及它对寄生虫的生存是否重要，使其成为可能的药物靶点。该数据库包括关于蚊子等寄生虫媒介和关于人类宿主的类似信息，以及关于人类的临床和流行病学数据。

“这是一个数据集，让我们对哪些基因重要，哪些不重要有一个总体的看法。这是非常重要的，”Sebastian Lourido是一位寄生虫学家，在怀特黑德研究所(Whitehead Institute)和麻省理工学院(Massachusetts Institute of Technology)研究刚地弓形虫，并将他的开创性论文归功于该数据库，该论文揭示了对其感染人类细胞的能力至关重要的基因功能。

巴马科科技大学研究抗疟药物耐药性的分子寄生虫学家Abdoulaye Djimde说:“我的团队……基本上每天都在询问VEuPathDB。”Abdoulaye Djimde管理着一个长期得到NIAID支持的国际疟疾研究卓越中心。“VEuPathDB至关重要，它可以帮助我们完成工作，而不必向全球北方的同事求助。”

近年来，NIAID每年向VEuPathDB提供600万美元的资金，VEuPathDB是NIAID支持的两个生物信息学资源中心(BRCs)之一，于2004年首次获得资助，主要研究传染病。(第二个是关于病毒和细菌的。)去年，该机构采用了一种为BRCs提供资金的新机制，邀请各方提出竞争性拨款方案，而不是之前的合同。NIAID说，资助机制的变化是由生物信息学的快速发展推动的，“反映了NIAID鼓励更多拥有广泛专业知识和经验的申请者的愿望”。

为了维护数据库，Roos提出了申请。他说他从评论家那里得到了很高的分数。但是上个月，NIAID把资助给了另外两个研究小组，他们都没有专门研究寄生虫学。(由芝加哥大学(University of Chicago)托管的细菌和病毒数据库获得了一个新资助，并将继续下去。)

Roos说，他正在努力避免裁掉40名由合同支持的员工，并寻找其他资金来维持VEuPathDB的生存。他把政府突然停摆比作乔·拜登(Joe Biden)总统的政府突然决定，美国必须转向电动汽车，并在几周内禁止汽油销售。“这将是灾难性的。如果没有充分的计划，你无法做到这一点。”

斯坦福大学弓形虫研究人员John Boothroyd和Broad研究所和哈佛大学公共卫生学院的疟疾研究人员Dyann Wirth在给《科学》杂志的信中写道:“我们非常关注导致不再为VEuPathDB提供资金的决定的过程，以及这一决定将产生的破坏性影响。”上个月，美国国家科学院和不结盟运动成员联名致信美国国立卫生研究院院长。

Roos说，他已经收到了来自几十个国家的1000多名科学家的电子邮件，他们写信给NIAID抗议这一决定。他补充说，他已经被导师的电话打得应接不暇，他们报告说，博士生现在无法完成他们的论文，还有其他科学家担心他们的论文发表和职业生涯。获得两项新NIAID资助的研究人员表示，他们从未期望他们的平台取代VEuPathDB。病原体数据网络(PDN)是一个得到资助的组织，其目标是通过pathogensportal.org使现有的各种病原体的在线数据集更容易找到，并相互关联。但与VEuPathDB不同的是，PDN不允许研究人员解决机制问题，比如特定基因赋予生存的好处是什么，该网络的负责人、瑞士生物信息学研究所的生物信息学家Aitana Neves说。“PDN不会取代VEuPathDB，”她说。“这意味着互补。”

Anton Nekrutenko是宾夕法尼亚州立大学的计算生物学家，也是NIAID资助的另一个新平台BRC-Analytics的首席研究员，他希望这个项目能在一定程度上弥补数据库的消亡。他表示:“我们将努力填补这一空白，但从技术上讲，这不是我们的目标。”相反，该平台旨在提供强大的新分析工具和免费的最先进的高性能计算，使研究人员能够自己进行生物信息学分析。Nekrutenko和Roos为彼此的拨款申请写了支持信，强调这两个项目最好能同时进行。Nekrutenko表示，他的团队正在努力使VEuPathDB上的所有数据都可以通过BRC-Analytics获得。

他的团队计划在本周末网站关闭之前完成这些数据的导入。但Nekrutenko表示，他们至少需要6个月的时间才能完全整合数据，并提供在VEuPathDB上找到的一些功能。他承认，新用户将面临一个学习曲线，并补充说，该团队正在提供培训。

尽管如此，研究人员仍对即将到来的损失感到绝望。“(被忽视疾病的研究人员)如何获得资金来开发一个新的平台来获取所有这些信息?"疟疾研究员Dionicia Gamboa问道。她在秘鲁卡耶塔诺埃雷迪亚大学(Cayetano Heredia Peruvian University)管理着另一个由NIAID支持的国际疟疾研究卓越中心。数据库关闭后，她说，“就好像这么多年过去了，我们需要重新开始。”