通过对0.15%的人类基因组进行测序，对儿童的癌症进行分类，指导治疗

圣裘德儿童研究医院(St. Jude Children 's Research Hospital)的科学家们创建了一个小组，通过对0.15%的人类基因组进行测序，能够为90%以上的儿科癌症患者提供诊断，这是一种成本效益高、易于使用的测试，可以对儿童的癌症进行分类，并指导更好的治疗。

　　

圣裘德儿童研究医院的科学家们创建了一个小组，通过对0.15%的人类基因组进行测序，能够为90%以上的儿科癌症患者提供诊断。该小组是检测和分类儿童恶性肿瘤并帮助指导患者治疗的一种具有成本效益的方法。该小组的表现和验证发表在本周的《临床癌症研究》上。

利用强大的测序技术发现儿童癌症的突变可能会带来更好的结果。医生利用这些知识为每位患者量身定制针对特定致癌突变的治疗方案。然而，目前的高端全基因组测序需要大多数机构缺乏的物理和计算基础设施。为了解决这一瓶颈，圣裘德研究小组开发了SJPedPanel，它针对较小的基因子集，专注于那些众所周知与儿童癌症有关的基因，而不是研究整个基因组。

“我们进行临床基因组学研究已经有好几年了，其中一个挑战是诊断每一种肿瘤，尤其是那些在测试样本中癌细胞百分比很低的肿瘤。共同通讯作者、圣犹达计算生物系马晓图博士说。“因此，我们创建了SJPedPanel作为总结，将我们在过去十年中获得的大部分遗传知识集中到一个可用于临床的较小测试中。”

该小组从一开始就为儿童癌症样本设计了新的基因小组，而其他基因小组则是为成人癌症设计的，然后针对儿童进行了调整。科学家们对检测某些突变的现实也有实际的见解，这使他们能够选择包含最具信息量的基因。与现有的癌症基因面板相比，这些差异导致了巨大的优势。

“我们将这种面板与其他六种市售面板进行了比较，”马说。“SJPedPanel提供的儿童癌症驱动基因覆盖率最高，接近90%，而其他人的覆盖率接近60%。”

成绩的提高是尽心尽力的结果。“根据我们对儿科癌症遗传学的了解，我们对精心设计的小组进行了迭代优化，”共同通讯作者、圣裘德计算生物基因组学实验室主任约翰·伊斯顿博士说，他曾担任儿科癌症基因组计划验证实验室的负责人。“我们与面板制造商进行了反复的过程，以确保其能力。”

除了比以成人为中心的癌症基因检测更有效外，在某些情况下，圣犹达基因检测的效果也优于黄金标准的全基因组测序。全基因组测序询问整个人类基因组，这使得由于需要高深度采样而难以用于检测低细胞计数癌症。

“在某些情况下，比如肿瘤纯度低的样本，甚至是骨髓移植后的测试，我们目前的临床全基因组测序方法都不起作用，”共同通讯作者jeffrey Klco博士说，他是医学博士，?St。Jude?病理学系。“这填补了我们患者的一个重要临床空白。”

关注儿童癌症遗传学

该小组产生如此直接影响的一个原因是其独特的性质和起源。圣犹达医院是发起儿科癌症基因组计划的医院之一，该计划对数百名患者进行了测序，以提供儿科癌症基因组景观的最详细概述。先前的研究只关注成人癌症，这与儿童恶性肿瘤在基因上是不同的。

“我们已经从儿科癌症基因组计划和其他研究领域的测序活动中获得了所有的知识，并利用这些知识产生了这个面板，现在已经在临床实施，并在我们的临床实验室中对600多个样本进行了测试，”Klco说。

儿童癌症遗传学方面的专业知识遗产将继续建立在将更多最新发现纳入小组的基础上。例如，包括由Klco的团队在2022年发现的UBTF基因。Klco说:“临床医生可以放心地知道，我们为他们的患者提供的临床测序是基于最新的研究结果。”

分享成功拯救儿童

该小组的成功可能会对世界各地的患者产生真正的影响。正确诊断儿童癌症，并尽早诊断，可以帮助指导治疗，并带来更好的结果。然而，全基因组测序需要昂贵的物理和数字基础设施。该小组将为没有这些资源的机构提供更好的机会来识别这些癌症。

伊斯顿说:“对于临床或研究实验室来说，这样的小组比全基因组测序更容易实施。”“并不是每个地方都有处理全基因组的测序和分析能力。我们对该领域进行了更灵敏、更实际的测试。”

虽然这个化妆小组将在商业上可用，但圣犹达集团还打算免费分享其化妆知识，以帮助尽可能多的儿童。

“现在我们有了这个面板，世界各地的科学家都可以使用它，”马说。“面板很小。因此，测序和分析成本都将是最低的，并且可能在发展中国家和服务不足的地区使用。”

“如果越来越多的中心使用这个小组对儿童癌症进行测序，我们会很兴奋，”Klco说，“因为我们相信它将带来更好的患者护理和结果。”