Cell：一个全面的蛋白质靶点资源

　　

贝勒医学院和合作机构的研究人员发现了新的潜在的癌症治疗靶点，并对现有的癌症药物靶点有了新的见解，扩大了治疗这种疾病的可能性。该团队使用综合方法，包括整合来自10种癌症类型的蛋白质组学，基因组学和表观基因组学数据，确定了癌症组织中的蛋白质和小蛋白质或肽靶点，并通过实验验证了其中许多作为治疗策略的有希望的候选者。这项研究发表在《细胞》杂志上。

贝勒大学莱斯特和苏·史密斯乳房中心的分子和人类遗传学教授Bing Zhang博士说:“经验表明，靶向治疗，即针对癌细胞中特定蛋白质的癌症治疗，有望比传统的放疗和化疗取得更有效的临床效果。尽管在识别特定癌症类型的潜在脆弱性方面取得了进展，但fda批准的癌症药物针对的蛋白质不到200种。在这项研究中，我们通过分析来自10种癌症类型的1000多个组织样本的数据，大大扩展了潜在治疗靶点的列表。”

研究人员应用计算工具整合蛋白质基因组学数据，包括DNA、RNA和蛋白质的全基因组信息，这些信息是由临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)从前瞻性收集的treatment-na?ve原发性肿瘤样本中产生的，其中许多与匹配的正常邻近组织进行比较。该团队将CPTAC数据集与其他公共数据集整合在一起，研究在不同肿瘤类型中发现的基因和蛋白质改变之间的异同，以阐明癌症治疗的蛋白质靶点。

“我们的目标是更好地了解已知药物靶点的特征。我们也希望找到新的靶点，从而开发出新的药物。”Bing Zhang说，他是麦克奈尔学者，也是贝勒大学丹·L·邓肯综合癌症中心的成员。

该团队应用数据整合方法系统地识别对癌症生长和发展重要的蛋白质和基因。例如，在癌症组织中过度表达或过度活跃的蛋白质，而在正常组织中却没有，以及肿瘤抑制基因的缺失，这可能会产生对其他蛋白质的依赖，从而成为治疗目标。他们还寻找肿瘤抗原，包括新抗原——肿瘤基因突变产生的癌症特异性肽。

Zhang说:“我们的研究揭示了重新利用目前批准用于其他疾病的药物的新机会。”“例如，我们发现一种抗真菌药物还可以减少几种癌症类型的生长，支持进一步探索这种药物的抗癌价值。”

研究人员还确定了目前没有药物的潜在蛋白质目标——一些是称为激酶的酶，另一些是细胞表面蛋白质。“这些发现为药物开发提供了机会，包括小分子药物或药物-抗体偶联物。”

此外，计算鉴定了几种不同癌症类型之间共享的肿瘤相关蛋白，随后在实验室和动物模型中培养的细胞中实验证实了它们对癌症的重要性，验证了这些蛋白作为值得进一步研究的潜在治疗靶点。

“我非常兴奋，我们已经创造了一个全面的蛋白质靶点资源，通过确定许多新的候选者和涵盖各种治疗方式，显着扩大了治疗领域。我们已经在https://targets.linkedomics.org上公开了我们的发现。”“我们希望这一资源将为重新利用现有药物和开发新的癌症治疗方法铺平道路。”