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DeepMind的AlphaFold 3只能通过web服务器访问引争议 每日请求限制提至20个
【字体: 大 中 小 】 时间:2024年05月21日 来源:ScienceInsider
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发表这项研究的DeepMind和《Nature》杂志因只提供有限的程序访问权限,未能公布其背后的计算代码而受到抨击
上周,谷歌(Google) DeepMind发布了一个由人工智能驱动的新程序AlphaFold 3,它有望大大改善对蛋白质结构和相互作用的预测,并有助于新药的发现,这在科学界引发了兴奋。但发表这项研究的DeepMind和《Nature》杂志因只提供有限的程序访问权限,未能公布其背后的计算代码而受到抨击。
在一封截至5月14日已收到650多个签名的公开信中,研究人员写道,他们对论文发表时缺乏相关资源感到“失望”,并指责该期刊破坏了自己对代码可用性的规定。研究人员在5月11日发布的这封信中写道:“虽然企业有权利用自己的创新,但使用学术出版物的授权,而不可能复制这些成果,更不用说在这些成果的基础上进行开发,这会颠覆企业。”“当期刊未能执行其关于提供代码的书面政策时……它们证明了这些政策是如何被不公平地应用的,以及编辑决策是如何与科学界的需求不一致的。”
蛋白质预测领域的专家称AlphaFold 3具有“变革性”和“非常令人印象深刻”。他们说,这项工作标志着AlphaFold 2和RoseTTAFold All-Atom等早期项目取得了重大进展,并将有助于更准确地预测蛋白质与DNA和RNA等生物分子的相互作用。然而,与它的早前版本发布的可下载代码不同,AlphaFold 3目前只能通过web服务器访问。刚推出时,每个用户每天只能处理10个请求,尽管这个数字已经上升到20个。用户还面临着他们可以分析的分子的限制。例如,预测蛋白质和新药之间的相互作用是不可能的,据报道,这是为了避免与DeepMind衍生公司Isomorphic Labs的药物发现工作竞争。
在《自然》论文的审查过程中,AlphaFold 3的代码也不可用。福克斯蔡斯癌症中心(Fox Chase Cancer Center)的计算结构生物学家、这封信的合著者Roland Dunbrack说,他收到手稿时没有任何测试程序的方法。他说,在与《华尔街日报》取得联系后,他获得了网络服务器的早期版本,但在文章发表前多次要求提供代码,但都没有得到回应。“我不明白为什么(《自然》杂志的编辑们)会在这种情况下把它寄出去审稿。”
这篇论文没有给出理由,只是简单地指出,“没有提供代码”——加利福尼亚大学旧金山分校(UCSF)的结构生物学家、公开信的组织者之一James Fraser说,这种遗漏似乎“公然违反”了《Nature》的政策。《Nature》的投稿指南指出,支持论文主要观点的自定义代码必须根据要求提供给审稿人,其编辑政策明确规定“作者必须及时向读者提供[代码],而不需要过多的限制。”
这种明显的矛盾引起了研究人员的愤怒。“在我看来,这项工作的大部分都不符合科学研究的要求,”斯德哥尔摩大学的生物物理学家Erik Lindahl告诉《ScienceInsider》,他也是这封信的签名者。“这实际上是商业服务的广告。”
《Nature》杂志为其处理论文的方式进行了辩护。《Nature》杂志主编Magdalena Skipper在一份声明中说:“在寻求利用每一个机会提高透明度的同时,《Nature》也承认,在某些情况下,研究数据或代码可能无法公开获取。”编辑们考虑了许多不同的因素,包括对生物安全的潜在影响以及由此带来的伦理挑战。在这种情况下,我们会与作者合作,提供支持可重复性的替代方案。”她补充说,论文中包含了“伪代码”——对程序运行步骤的描述。
此前,DeepMind曾以生物安全为由限制对其产品的访问,不过据报道,该研究的合著者、该公司高级研究员John Jumper上周告诉《Fortune》杂志,生物安全专家建议该公司,AlphaFold 3的风险很小,潜在的好处大于风险。与此同时,《Nature》杂志的一篇新闻报道援引DeepMind研究副总裁Pushmeet Kohli的话说,实施限制是为了不损害Isomorphic Labs追求商业药物发现计划的能力。
不管怎样,自从这封公开信发布以来,DeepMind的研究人员已经表示,有关AlphaFold 3的更多信息正在发布中。DeepMind的一位媒体代表向《Science》杂志指出,5月13日的一篇社交媒体帖子中,另一位合著者Kohli宣布将网络服务器的每日请求限制提高到20个。Kohli表示该团队还“致力于在6个月内发布AF3模型”用于学术用途,这一举动受到了研究人员的欢迎。
加州大学旧金山分校(UCSF)的计算结构生物学家Stephanie Wankowicz是这封信的另一位组织者,她说,她希望这一事件能鼓励计算生物学界为研究交流制定具体的标准,特别是考虑到营利性公司在这一领域的影响力越来越大。这也是期刊反思自己在维护科学标准方面所扮演角色的一个机会。如果他们有选择地应用标准,“就像交通警察允许一些人超速行驶,并让其他人通过停车标志。”这是不公平的。”