DeepMind的AlphaFold 3只能通过web服务器访问引争议 每日请求限制提至20个

　　

上周，谷歌(Google) DeepMind发布了一个由人工智能驱动的新程序AlphaFold 3，它有望大大改善对蛋白质结构和相互作用的预测，并有助于新药的发现，这在科学界引发了兴奋。但发表这项研究的DeepMind和《Nature》杂志因只提供有限的程序访问权限，未能公布其背后的计算代码而受到抨击。

在一封截至5月14日已收到650多个签名的公开信中，研究人员写道，他们对论文发表时缺乏相关资源感到“失望”，并指责该期刊破坏了自己对代码可用性的规定。研究人员在5月11日发布的这封信中写道:“虽然企业有权利用自己的创新，但使用学术出版物的授权，而不可能复制这些成果，更不用说在这些成果的基础上进行开发，这会颠覆企业。”“当期刊未能执行其关于提供代码的书面政策时……它们证明了这些政策是如何被不公平地应用的，以及编辑决策是如何与科学界的需求不一致的。”

蛋白质预测领域的专家称AlphaFold 3具有“变革性”和“非常令人印象深刻”。他们说，这项工作标志着AlphaFold 2和RoseTTAFold All-Atom等早期项目取得了重大进展，并将有助于更准确地预测蛋白质与DNA和RNA等生物分子的相互作用。然而，与它的早前版本发布的可下载代码不同，AlphaFold 3目前只能通过web服务器访问。刚推出时，每个用户每天只能处理10个请求，尽管这个数字已经上升到20个。用户还面临着他们可以分析的分子的限制。例如，预测蛋白质和新药之间的相互作用是不可能的，据报道，这是为了避免与DeepMind衍生公司Isomorphic Labs的药物发现工作竞争。

在《自然》论文的审查过程中，AlphaFold 3的代码也不可用。福克斯蔡斯癌症中心(Fox Chase Cancer Center)的计算结构生物学家、这封信的合著者Roland Dunbrack说，他收到手稿时没有任何测试程序的方法。他说，在与《华尔街日报》取得联系后，他获得了网络服务器的早期版本，但在文章发表前多次要求提供代码，但都没有得到回应。“我不明白为什么(《自然》杂志的编辑们)会在这种情况下把它寄出去审稿。”

这篇论文没有给出理由，只是简单地指出，“没有提供代码”——加利福尼亚大学旧金山分校(UCSF)的结构生物学家、公开信的组织者之一James Fraser说，这种遗漏似乎“公然违反”了《Nature》的政策。《Nature》的投稿指南指出，支持论文主要观点的自定义代码必须根据要求提供给审稿人，其编辑政策明确规定“作者必须及时向读者提供[代码]，而不需要过多的限制。”

这种明显的矛盾引起了研究人员的愤怒。“在我看来，这项工作的大部分都不符合科学研究的要求，”斯德哥尔摩大学的生物物理学家Erik Lindahl告诉《ScienceInsider》，他也是这封信的签名者。“这实际上是商业服务的广告。”

《Nature》杂志为其处理论文的方式进行了辩护。《Nature》杂志主编Magdalena Skipper在一份声明中说:“在寻求利用每一个机会提高透明度的同时，《Nature》也承认，在某些情况下，研究数据或代码可能无法公开获取。”编辑们考虑了许多不同的因素，包括对生物安全的潜在影响以及由此带来的伦理挑战。在这种情况下，我们会与作者合作，提供支持可重复性的替代方案。”她补充说，论文中包含了“伪代码”——对程序运行步骤的描述。

此前，DeepMind曾以生物安全为由限制对其产品的访问，不过据报道，该研究的合著者、该公司高级研究员John Jumper上周告诉《Fortune》杂志，生物安全专家建议该公司，AlphaFold 3的风险很小，潜在的好处大于风险。与此同时，《Nature》杂志的一篇新闻报道援引DeepMind研究副总裁Pushmeet Kohli的话说，实施限制是为了不损害Isomorphic Labs追求商业药物发现计划的能力。

不管怎样，自从这封公开信发布以来，DeepMind的研究人员已经表示，有关AlphaFold 3的更多信息正在发布中。DeepMind的一位媒体代表向《Science》杂志指出，5月13日的一篇社交媒体帖子中，另一位合著者Kohli宣布将网络服务器的每日请求限制提高到20个。Kohli表示该团队还“致力于在6个月内发布AF3模型”用于学术用途，这一举动受到了研究人员的欢迎。

加州大学旧金山分校(UCSF)的计算结构生物学家Stephanie Wankowicz是这封信的另一位组织者，她说，她希望这一事件能鼓励计算生物学界为研究交流制定具体的标准，特别是考虑到营利性公司在这一领域的影响力越来越大。这也是期刊反思自己在维护科学标准方面所扮演角色的一个机会。如果他们有选择地应用标准，“就像交通警察允许一些人超速行驶，并让其他人通过停车标志。”这是不公平的。”