基因分型对COVID变异的快速反应

研究表明，与全基因组测序相比，基因分型技术识别Covid变异体的速度更快、成本更低，从而能够更快地做出公共卫生反应，并对未来的疾病控制产生更广泛的影响。

　　

基因分型技术加快了Covid变异检测速度，为公共卫生决策提供了一种比全基因组测序更有效和更具成本效益的替代方案。

东安格利亚大学和英国卫生安全局的研究表明，基因分型技术比以往任何时候都能更快、更便宜地检测到新冠病毒的变异。

1月17日发表的一项新研究表明，该技术检测新变异的速度比传统的全基因组测序方法快了近一周。

该研究小组说，基因分型使Covid变异信息能够在大流行最严重的时候更快地被发现并传达给一线卫生保护专业人员。

重要的是，它有助于更迅速地实施接触者追踪等当地控制措施。

基因分型优于全基因组测序

东英吉利大学环境科学学院的首席研究员Iain Lake教授说:“当新冠疫情开始流行时，人们感染的变异最初是用一种称为全基因组测序的高度精确的技术确定的。

“这是识别和遗传特征变异的黄金标准诊断工具。但是，在需要迅速评估大量人口的地方，成本、能力和及时性限制了它的效用。到2021年初，政府正在NHS测试和追踪实验室试用快速检测新变体的新技术。这项技术——被称为‘基因型分析测试’或基因分型——允许科学家探索基因变异。”

来自英国卫生安全局(UKHSA)的Neil Bray说:“我们想知道这项技术与传统的全基因组测序相比有何不同。”

研究结果及未来意义

研究小组研究了超过11.5万例病例的数据，这些病例通过基因分型和全基因组测序获得了新冠病毒的变异信息。通过将基因分型结果与全基因组测序结果进行比较，他们证明了基因分型结果是非常准确的。

Lake教授说:“我们发现，与全基因组测序相比，基因分型能够更快、更便宜地检测到已知的新冠病毒变异。

他们比全基因组测序快了6天得出了变异结果——与全基因组测序需要9天的时间相比，他们只需要3天就能得出结果。

“基因分型使检测变异的样本数量增加了9倍。这意味着在更多的人中检测到变异。因此，接触者追踪等当地控制措施可以更快地实施。基因分型可以应用于在人类和动物的各种生物中发现变异，因此它在指导未来全球公共卫生决策和疾病控制方面具有巨大的潜力。”

UKHSA首席医学顾问 Susan Hopkins教授说:“UKHSA和英国其他机构在整个大流行期间能够利用世界领先的基因组学专业知识，这对英国应对COVID-19至关重要。这样的研究将帮助我们继续加强我们在这一领域的能力，并确保英国尽可能做好充分准备，以迅速应对未来对公共卫生构成的新威胁。”

苏格兰卫生首席科学家Dame Anna Dominiczak教授曾领导过英国政府扩大和运营Covid灯塔实验室的行动，她说:“这样的研究对于确保我们在Covid期间在测试方面取得巨大进展的基础上，加强我们对未来大流行威胁的防御，是非常重要的。”

参考文献:“RT-PCR genotyping assays to identify SARS-CoV-2 variants in England in 2021: a design and retrospective evaluation study” by Neil Bray, Will Sopwith, Matt Edmunds, Harper Vansteenhouse, Jelena D M Feenstra, Peter Jacobs, Kamal Rajput, Anne Marie O’Connell, Melanie L Smith, Paula Blomquist, Diane Hatziioanou, Richard Elson, Roberto Vivancos, Eileen Gallagher, Mark J Wigglesworth, Anna Dominiczak, Susan Hopkins and Iain R Lake, 17 January 2024, The Lancet Microbe.