针对微量、质量差样本的RNA-Seq建库试剂盒来啦！

【字体：大中小】 时间：2024年12月11日 来源：Takara

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　　Takara Bio特别优化推出了接头上带UMIs的全新RNA建库试剂盒SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian) ，可以针对微量的、质量差的样本构建转录组文库。

随着NGS技术的普及和推广，很多科研人都已经比较了解甚至做过转录组建库测序实验。但如果遇到RNA含量低，质量差的问题，该如何应对？

选择合适的文库构建试剂盒来优化文库构建环节不失为一种有效地补救措施，一般要关注以下三点：

（1）灵敏度：是否支持微量样本起始，有效检测基因数

（2）兼容度：是否支持不同品质的RNA样本，甚至是高度降解的样本

（3）简便性：整体流程是否操作时间短，简便易上手

Takara Bio特别优化推出了接头上带UMIs的全新RNA建库试剂盒SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian) ，就满足上述需求，可以针对微量的、质量差的样本，构建转录组文库的建库试剂盒。

那么，一起来看看它有哪些优势？

● 可应用于微量样本

RNA含量低，风险在于可能无法有效构建文库。这个试剂盒可以从以下两个维度支持微量样本构建RNA-Seq文库！

其一，可以做到皮克级total RNA起始（范围支持250 pg-10 ng 人、大/小鼠total RNA）构建高品质文库，即使珍贵的微量临床样本，也无需过于担心样本量不足！其二，不用先去除rRNA！虽然在制备文库前从总RNA中去除核糖体来源的RNA有利于降低测序成本，提高数据mapping率。但微量样品起始时则有可能会造成纯化后的样品太少而不能制备合格的测序文库。这个试剂盒，采用的方法则是先合成cDNA测序文库，之后特异识别并去除来源于核糖体RNA的cDNA片段。简单方便的同时，也省去了单独购买rRNA去除产品的烦恼和费用！而且在保留前一代可靠性能的基础上，有效提升rRNA去除效率，以更好地剔除不需要的reads信息。

实验范例

选择250 pg的人脑RNA样本起始，使用SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs制备文库。之后分别采用ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit试剂盒中的模块处理（+）和未处理（-），然后通过PCR扩增进行富集或者不进行处理。同时，使用前一代版本产品SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian对250 pg的人脑RNA样本制备文库。最后使用CogentAP 对3x106 PE reads进行数据分析。如下图所示，与前一代版本产品相比，SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian)制备的文库，rRNA相关reads百分比明显降低，外显子reads百分比增加！

● 可应用于低品质样本

RIN值反映的是RNA的完整性，数值越大表明RNA质量越好，完整性越高。RIN≥8，表明RNA完整性好，无明显降解。RIN越低则说明RNA降解越严重，其构建的文库风险在于有效数据低，mapping率低，duplication高。

这个试剂盒支持分析质量非常差（RIN3-10，DV200≥25%）的FFPE、LCM、以及cfRNA等来源的样本！以随机引物起始，捕获全部mRNA和lncRNA在内的信息！

实验范例

从FFPE样本中分离纯化核酸进行NGS分析研究逐渐成为重要手段，但由于FFPE样本容易发生核酸的降解和损伤，所以从有限且珍贵的FFPE样本中获得完整且正确的信息进行建库测序非常具有挑战性！但有了Takara FFPE样本分析利器，事情正在发生变化！

使用SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™ Mammalian) 制备10 ng FFPE RNA文库 (RIN=3, DV200=77%)。使用CogentAP进行数据分析，使用3x106 PE reads进行数据分析。如下图显示，即使以降解FFPE样本起始，可有效去除rRNA来源cDNA，并获得可靠的测序数据结果。