SigRM为单细胞表转录组学分析

【字体: 时间:2024年12月10日 来源:Cell Genomics

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  研究人员开发了一种新工具,可以帮助科学家研究基因在细胞中的表达方式。

  

研究人员开发了一种新工具,可以帮助科学家研究基因在细胞中的表达方式。该工具被称为SigRM,用于分析单细胞表转录组学的数据,这是一种研究单个细胞中RNA修饰的方法。这项研究可能会导致对健康和疾病的重要见解。单细胞技术的最新进展使研究人员能够一次分析数千个单个细胞,提供有关基因和蛋白质的表达和活性的丰富信息,以及影响基因表达的化学变化。这些研究的一个主要工具是单细胞表转录组学,它研究RNA修饰,如m6A甲基化,可以显著影响基因调控,在各种疾病中都很重要。RNA甲基化是一种化学变化,将一个小的标记分子附着在RNA分子上。这种变化在许多细胞过程中是至关重要的,包括基因调控和整体细胞行为。发表在《细胞基因组学》(Cell Genomics)杂志上的SigRM可用于从数据中构建特定条件的调节网络,帮助研究人员绘制出RNA甲基化在不同情况下是如何被控制的。利用单细胞表转录组学工具,研究人员可以专门关注单个细胞中的RNA修饰,使他们能够研究不同细胞之间的差异。然而,现有的分析这些数据的技术仍然是相当基础的,关于RNA甲基化及其在不同细胞中的可变性的许多重要问题仍然是开放的。西交利物浦大学生物科学系系主任,该研究的首席研究员Jia Meng说:“SigRM框架有效地解决了这些挑战,提供了改进的RNA甲基化位点检测和定量。”

通过分析单细胞表转录组学数据,研究人员可以追踪RNA修饰如何在不同的细胞群中发生。SigRM不仅帮助构建基于这些数据的调节网络,而且还跟踪细胞如何随时间改变状态,这一过程被称为轨迹推断。SigRM的结果与现有的生物学知识进行了验证,证明了它的可靠性。这个新工具对于理解复杂的调控机制,尤其是癌症等疾病的调控机制,将是无价的。“SigRM的影响远远超出了实验室。它的发展代表了我们对RNA修饰如何影响基因调控的理解的重大进步,”Meng教授说。“我们的工作不仅解决了分析技术的关键空白,而且提供了有价值的见解,可以为医学研究和生物技术的突破铺平道路,增强我们对RNA修饰如何影响健康和疾病的理解。”

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