【文末福利】胶回收 & PCR产物纯化如何不走弯路？建议收藏！

从凝胶中回收核酸或者从 PCR 产物中纯化 DNA 已经成了分子实验中不可或缺的环节。

为了方便操作，大部分实验者会选择试剂盒来完成核酸的处理。超高的使用频率也同时提高了我们对这类产品的熟悉程度。

但我们对于 PCR 产物或者胶回收试剂盒真的足够了解吗？快来和小编一起看看下面这些小 tips，你熟悉多少？

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胶回收试剂盒和 PCR 产物回收试剂盒必须是独立分开的吗？

答案：不是。

目前有很多品牌的试剂盒都可以做到胶回收和PCR产物纯化共用一套试剂盒。比如来自德国MACHEREY-NAGEL 品牌的NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up 试剂盒。

胶和 PCR 产物纯化共用一个试剂盒，并不是把两个独立分开的试剂盒组份叠加到一个试剂盒中。这款试剂盒结合 buffer 既可以处理凝胶，也可以用于 PCR 产物纯化。如图所示：

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试剂盒可回收的核酸片段范围是固定的吗？

答案：不是。

胶回收试剂盒里面有一种buffer，名为结合 buffer（Binding buffer）。可回收片段的大小可以通过结合 buffer 的比例来调节：需要回收的片段范围越小，结合 buffer 添加的比例就越大。

下图显示了不同结合 buffer 稀释比例的纯化结果:

纯的结合buffer（lane3）和50 %结合buffer（lane4）对 PCR 产物梯度 ladder 可100 %回收。如果增加结合 buffer 的稀释比例，则会出现片段筛选情况，短片段就会被筛选掉。

Lane 1: GeneRuler 100 bp DNA Ladder (MBI Fermentas)

Lane 2: DNA ladder input (21 base primer, 50, 65, 79, 100, 164, 359, 645 and 982 bp fragment) amplified using Biotaq DNA Polymerase (Bioline)

Lane 3: Purification with 100 % Buffer NTI

Lane 4–12: Purification with Buffer NTI diluted with 1–9 volumes of water

03

试剂盒的回收效率是不变的吗？

答案：不是。

目前较多的胶回收试剂盒用的是硅胶膜。随着 DNA 片段长度的增加，与二氧化硅的硅-羟基相互作用的强度也随之增加。因此与只有几百个碱基对的小 DNA 相比，有几千个碱基对的大 DNA 结合更强，更难洗脱，回收率也会较低。

此外，大于 20 kbp 的碎片可能还会因通过膜的快速离心而被机械损坏掉，建议使用氧化硅基质方式如：NucleoTrap® 或 NucleoTraPCR®。

NucleoSpin® Gel and PCR Clean‑up 试剂盒回收片段范围在 50 bp-20 kpb，回收结果如下：

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PCR 产物&胶回收试剂盒，除了回收双链 DNA和琼脂糖胶外，还有其它用途吗？

答案：当然有！

一款好的核酸回收试剂盒，既能用于 dsDNA，也可以用于 ssDNA、RNA、富含SDS DNA(如ChIP 产物)等产物纯化；

同时，既可以用于普通琼脂糖凝胶回收，又可以用于丙烯酰胺胶回收。并且针对不同的应用领域有专门的 protocol：

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除了离心机，还有别的装置或者设备用于PCR产物&胶回收试剂盒吗？

答案：当然有！

如果您认为离心机的通量不够高，可以试试下方的真空抽滤装置，一次可以完成 24 个样本的液体过滤。

NucleoSpin® Gel and PCR Clean-up 

试剂盒系列：

1. 一盒多用途；

2. 高效回收50 bp-20 kbp片段；

3. 回收效率高达95 %；

4. 洗脱体积低至15 μL。

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