临床基因组资源平台ClinGen开放访问 定义基因和变异的临床相关性

　　

临床基因组资源（ClinGen）是一个由美国国立卫生研究院（NIH）资助的资源，致力于定义基因和变异的临床相关性，已经发布了超过2700个基因的数据，这些基因与遗传疾病相关，包括癌症、心血管疾病和神经发育障碍。美国医学遗传学和基因组学学院（ACMG）的官方期刊《医学遗传学》（Genetics in Medicine）上的一篇新出版物描述了基因组管理的方法，以及支持能够进行大规模循证管理的ClinGen全球联盟所需的软件和基础设施的开发。

ClinGen联盟由国家人类基因组研究所于2013年首次成立，目前由来自69个国家和地区的2500多名专家成员组成。这些专家组成了100多个针对特定疾病的小组，致力于确定哪些基因与疾病有关，这些基因的哪些变异是致病的，以及何时需要采取医疗行动。该联盟的目标是标准化基因组信息的评估和管理，以用于医疗实践和研究。

这些努力的结果可在www.clinicalgenome.org上向公众提供，所有整理的变异也在ClinVar数据库和ClinGen证据库中共享，所有整理的基因都与GenCC数据库共享。如论文所述，截至2024年1月，ClinGen专家已经确定并验证了2420个基因-疾病关系，1557个基因用于剂量敏感性和可操作性评估，用于儿科和成人环境中的447个基因条件对。此外，研究人员已经分类了5161种独特的致病变异，这些数字还在继续增长。

“ClinGen资源创建了一个强大的开放访问平台，以支持世界各地的诊所和研究实验室的基因组解释，”贝勒ClinGen项目的联合首席研究员、贝勒大学分子和人类遗传学、儿科血液学和肿瘤学教授Sharon Plon博士说。“我们联盟产生的基因组知识可用于建立基于证据的基因检测小组，解决变异分类中的差异，并指导向患者披露基因组发现。”

贝勒大学的工作重点是开发软件基础设施和计算方法，使研究人员能够扩大当前的工作规模，扩大资源中的基因数量，并促进整合到医疗保健服务中。贝勒还领导着遗传性癌症基因的研究。贝勒生物信息学研究实验室的软件工程团队为该项目开发了关键的计算基础设施，包括Clingen等位基因登记处、标准规范登记处和关联数据中心。这些以应用程序编程接口为中心的微服务在学术软件开发方面开辟了新的领域，使ClinGen的知识可查找、可访问、可互操作和可重用，”贝勒ClinGen项目的联合首席研究员、生物信息学研究实验室主任、贝勒大学分子遗传学亨利和艾玛·迈耶教授Aleksandar Milosavljevic博士说。

Plon是贝勒大学Dan L . Duncan综合癌症中心的教授。她也是邓肯癌症中心儿科癌症项目的联合负责人，也是德克萨斯儿童医院癌症遗传学和基因组学项目的主任。Milosavljevic是贝勒大学定量和计算生物科学项目主任，计算和综合生物医学研究中心的联合主任，以及Dan L . Duncan综合癌症中心的成员。

本工作主要由国家人类基因组研究所和国家癌症研究所（U24HG006834和U24HG009650和U24HG009649）以及美国国立卫生研究院的校内研究计划支持。有关作者和资助的完整列表，请参阅该出版物。