在诊断智力障碍时，全基因组测序的诊断率更高，成本也更高

　　

澳大利亚研究人员领导的一项新研究显示，对于智力障碍患者，全基因组测序的诊断率要高于传统的外显子组测序，不过价格也高得多。

这篇题为“Narrowing the Diagnostic Gap: Genomes, Episignatures, Long-Read Sequencing and Health Economic Analyses in an Exome-Negative Intellectual Disability Cohort”的论文于1月19日发表在《Genetics in Medicine》杂志上。

澳大利亚神经科学研究中心、新南威尔士大学的研究人员Tony Roscioli及其同事在文中写道，“尽管分子诊断技术有了重大改进，但大约一半的智力障碍患者在外显子组测序后仍未得到诊断”。他们指出，基因组测序增加了编码区域的覆盖一致性，提高了结构变异的检测灵敏度，也有利于非编码和线粒体变异的检测。

在此次分析中，研究人员评估了74个家系的外显子组序列、短读长基因组序列、基于EpiSign DNA甲基化检测的表观遗传学特征以及长读长序列。这些患者的年龄介于6至43岁之间，至少患有中等程度的智力障碍。

在这些家系中，外显子组测序策略在42个病例中发现了致病或可能致病的变异，占病例总数的57%。在外显子组测序未确诊的32个病例中，基因组测序策略实现了9个病例的诊断（28%）。

研究人员在此过程中确定了智力障碍的十几个候选基因，包括NR2F1、MED13L、YARS1和 SCN2A。

研究人员指出，通过基因组测序诊断的病例中，除了一个变异外，其余所有的遗传变异都可以通过反复的外显子测序以及更先进的分析流程找到。他们还补充说，表观遗传特征在一小部分病例中提供了线索。

即便如此，研究团队的卫生经济分析表明，以基因组测序作为一线诊断方法的成本要远高于在外显子测序之后再进行基因组测序。前一种策略诊断出一名病例的成本约为7,062美元，而对外显子组测序未确诊的病例进行基因组测序的成本约为4,986美元。

基于这些研究结果，研究人员估计，如果基因组测序的价格下降约61%，即每个家系的价格略高于2,400美元，那么基于基因组测序的一线诊断成本将与基于外显子组测序的成本相当。

他们表示，在使用早期的外显子组测序流程以及基因组测序时，每次诊断的平均成本约为5,740美元，而在使用较新的外显子组测序流程外加基因组测序时，每次诊断的平均成本约为4,976美元。

“这项研究表明，与外显子组测序相比，以基因组测序作为一线诊断方法的诊断率更高，但成本也更高，”作者总结道。