Science Translational Medicine：识别高达90%的癌症患者中存在的共享剪接新抗原

“通过识别高达90%的癌症患者中存在的共享剪接新抗原，SNAF不仅为治疗提供了新的靶点，而且挑战并扩展了我们对癌症生物学的理解，”该研究的合著者、辛辛那提儿童医院癌症病理学项目主任H. Leighton“Lee”Grimes博士说。

　　

根据2024年1月17日发表在《科学转化医学》上的一项研究，一种名为“SNAF”的创新计算工具可能有助于研究界将癌症免疫治疗的新兴前景带给更广泛的患者。

这种研究工具被称为剪接新抗原查找器(SNAF)，是由辛辛那提儿童医院和弗吉尼亚大学的一个多学科研究小组开发的。该项目由辛辛那提儿童医院生物医学信息部的Guangyuan Li博士和Nathan Salomonis博士领导。

共同作者说，该工具已经帮助发现了各种癌症的共同免疫原性靶点，这可能为新一轮高度集中的癌症治疗铺平道路。

“这一发现的意义是重大的，”H. Leighton“Lee”Grimes博士说，他是这项研究的合著者之一，也是辛辛那提儿童医院癌症病理学项目的主任。“通过识别高达90%的癌症患者中存在的共享剪接新抗原，SNAF不仅为治疗提供了新的靶点，而且挑战并扩展了我们对癌症生物学的理解。”

新工具如何找到新的目标

免疫疗法利用病人的免疫系统对抗癌症，通常针对由基因突变产生的新抗原。然而，这种方法通常只对那些具有高突变负担的人有益。SNAF旨在通过识别由转录后修饰，特别是剪接错误引起的新抗原来扩大免疫治疗的范围，这在很大程度上是迄今为止尚未开发的。

使用新的人工智能方法，SNAF预测T细胞可以识别的免疫原性肽和B细胞可以靶向的改变细胞外成分的新蛋白。这种双重方法对于开发结合适应性免疫系统两臂的综合免疫疗法至关重要。

黑色素瘤出现了有希望的靶点

在对所有可能的新抗原进行编目时，研究小组发现剪接新抗原的数量与黑色素瘤患者的生存和免疫治疗反应相关。

SLC45A2由于其高肿瘤特异性和免疫原性，已成为一个特别有希望的靶标。

除了t细胞新抗原，研究小组还发现了一类新的肿瘤特异性细胞外新表位，称为ExNeoEpitopes，通过它们的b细胞聚焦管道SNAF-B。这些ExNeoEpitopes在单克隆抗体和CAR-T细胞疗法的发展中显示出巨大的希望。

下一个步骤

“这只是一个开始，”Tamara Tilburgs博士说，他是免疫生物学部门的共同通讯作者和研究员。“SNAF工作流程的灵活性意味着它可以随着我们进一步了解和对抗癌症而不断调整。”

Salomonis和他的团队现在正在将这些工具应用于最难治疗的癌症，以寻找治疗发展的最佳靶点，并了解它们的单细胞起源。

该研究得到了多项资助，包括辛辛那提儿童医院研究基金会、辛辛那提大学癌症中心、黑色素瘤研究基金会、美国癌症协会和美国国立卫生研究院(R01CA226802)。